Die A lyga 2006 war die 17. Spielzeit der höchsten litauischen Spielklasse im Männerfußball. Sie begann am 20. Juni 2006 und endete am 12. November 2006.
Die zehn Vereine aus der Vorsaison spielten viermal gegeneinander; zweimal zu Hause und zweimal auswärts. Somit bestritt jede Mannschaft 36 Spiele pro Saison.