P.C. Bønecke blev født 1841 i København som søn af murermester, senere tillige kaptajn i brandkorpset Christian Conrad Bønecke og Dorothea Østerbye. Han kom i murerlære og blev samtidig i vintermånederne undervist på N.S. Nebelongs og senere på J.H. Nebelongs tegnekontorer. Han tog på et flerårigt ophold på bygningsskolen i Holtzminden og var i fire år assistent hos Theophilus Hansen i Wien. Omkring 1862-64 var han i Italien. Efter hjemkomsten fra studierejsen løste Bønecke 1865borgerskab som murermester, men blev dog snart udelukkende beskæftiget med arkitektonisk virksomhed. I sin kunstneriske opfattelse var han tydeligt elev af Theophilus Hansen.
Størst betydning havde Bønecke som stadsbygmester ved sin dygtige og over for tidens krav forstående embedsførelse. Hans 1878 til Københavns Borgerrepræsentation indsendte udkast til ny byggelov kom til at øve ikke ringe indflydelse på Københavns byggelov af 1889. Bønecke har tillige fortjenesten af at have tilskyndet Theophilus Hansens efterlevende søster til at anvende broderens formue til det kendte rejselegat for arkitekter og kunsthåndværkere.
Bønecke blev gift 3. juni1866 i København med Augusta Vilhelmine Lorentze Biørn (28. februar 1845 i København – 10. oktober 1928 på Frederiksberg, datter af forgylder, senere stadsbedemand Ludvig August Biørn og Ane Martine Svendsen. Han er begravet på Assistens Kirkegård.
