Thomsen var arkitekt ved Ny Carlsberg 1873-97, medlem af repræsentantskabet for Østifternes Kreditforening1896, formand 1911-18 og bygningskyndig direktør sammesteds fra 1918 til sin død.
Thomsen blev gift 10. november1883 i København med Emma Elisabeth Helene Werner (21. september 1854 i København – 21. juni 1918 sammesteds), datter af konditor Christian Eduard Mylius Werner og Magdalene Susanne Pouline Santin. Han er begravet på Garnisons Kirkegård.