Nicolai Holten fik undervisning i Efterslægtselskabets Skole, kom efter sin konfirmation på det store Rybergske handelshus' kontor, nedsatte sig derefter som mægler i København og erhvervede sig hurtig – formentlig ved heldige spekulationer i statspapirer – en betydelig formue, så at han 1809 kunne købe Lindegården i Horns Herred og 1810hovedgårdenKrabbesholm, som han ejede til sin død. Her foretog han mange forbedringer såvel ved selve hovedgården som ved kirkerne og bøndergårdene. I de vanskelige pengeår efter 1807 var han regeringens kommissionær ved omsætningerne mellem sedler og sølv på børsen. Det skyldtes utvivlsomt gehejmestatsministerJoachim Godske Moltke, der havde haft rig lejlighed til at lære Holtens betydelige finansielle evner at kende, at denne i 1816 kom til at indtræde i statstjenesten som
medlem af direktionen for statsgælden og den synkende fond (se også Finansdeputationen).
I denne stilling, med hvilken han 1817-39 forenede posten som chef for bureauet for de udenlandske betalinger, udøvede han i en lang årrække en betydelig indflydelse, ligesom den også gav anledning til, at Frederik VI jævnlig benyttede ham som sin private finansielle rådgiver. 1839 udnævntes han til direktør for Øresunds Toldkammer, men afgik først 1848 som medlem af direktionen for statsgælden og den synkende fond.
Han var en samvittighedsfuld embedsmand, en offervillig patriot, en rundhåndet mæcen for litteratur og kunst og en human godsejer.
15. maj1799 blev han gift med Johanne Cathrine Kirstine Mangor (2. maj 1778-20. november 1869), en datter af stadsfysikus Christian Elovius Mangor og Marie Elisabeth født Klagenberg.
Når en omskrivning af teksten til et mere nutidigt sprog og wikificeringen er foretaget, skal der anføres en reference med henvisning til forfatteren og den relevante udgave af DBL, jf. stilmanualen. Dette angives som fx: {{Kilde |forfatter=Navn |titel=Efternavn, Fornavn |url=https://runeberg.org/dbl/... |work=[[Dansk Biografisk Leksikon]] |udgave=1 |bind=I til XIX |side=xxx |besøgsdato=dags dato}} og herefter indsættelse af [[Kategori:Artikler fra 1. udgave af Dansk biografisk leksikon]] i stedet for DBL-skabelonen.