Flere af Jakobs tilhængere fulgte ham, da han i 1688 flygtede til Frankrig og siden boede der under Ludvig XIVs beskyttelse, men de fleste blev tilbage i deres hjemland (først og fremmest i Skotland og Irland) og opretholdt forbindelsen med Jakobs Hof i Saint-Germain.
Jakobitternes stræben gik først og fremmest ud på at genindsætte den landflygtige Jakob på tronen. Efter hans død i 1701 gik man over
til at forsøge at sikre kronen til hans søn Jakob Edvard Stuart, og da denne i 1715 opgav tanken om at blive engelsk og skotsk
konge, satsede jakobitterne endelig på sønnesønnen Karl Edvard Stuart ("Bonnie Prince Charles").
Jakobitternes kamp for at genindsætte det stuartske kongehus på tronen førte til en række oprør og krige i Irland, Skotland og England.
De vigtigste slag i denne konflikt var
det irske slaget ved Boyne i 1690, hvor Jakob II forgæves forsøgte at genvinde magten, men
blev tvunget til at flygte tilbage til Frankrig,
oprøret i 1715 i Skotland, hvor hans søn forsøgte og måtte give fortabt, samt endelig
det skotske oprør i 1745, som sluttede med slaget ved Culloden i 1746, hvor sønnesønnen "Bonnie Prince Charles" blev slået og herefter jagtet i fire måneder over hele det skotske højland, inden det lykkedes ham at komme tilbage til Frankrig.
Den sidste af huset Stuart, som gjorde krav på den britiske trone, var Henrik Benedict Stuart, "Bonnie Prince Charles'" yngre bror,
som var katolsk kardinal. Da broren døde i 1788, hævdede han sin arveret til tronen og kaldte sig Henrik IX.
Den korrekte kongerække ifølge jakobitterne
På trods af at "jakobitismen" i princippet døde i slaget ved Culloden, og på trods af at ingen stillede op som tronprætendent efter
Henrik Benedict Stuart, har der alligevel været en lille gruppe hengivne tilhængere, som har hævdet at afsættelsen af Jakob II var ulovlig, ligeom den i 1689Bill of Rights og den i 1701 vedtagne successionsordning, som fratog huset Stuart
al arveret til tronen og i stedet overdrog den til Sofia af Hannover og hendes efterkommere. Ifølge jakobitterne burde den britiske kongerække efter 1685 have set således ud:
