Córdoba spillede desuden, mellem 1997 og 2010, 73 kampe og scorede fem mål for det colombianske landshold.[2] Hans første landskamp var et Copa América-opgør mod Costa Rica 16. juni 1997, mens hans sidste optræden i landsholdstrøjen var en venskabskamp 7. september 2010 på udebane mod Mexico.
Han repræsenterede sit land ved VM i 1998 i Frankrig.[3] Han kom dog ikke på banen i turneringen, hvor colombianerne ikke gik videre fra det indledende gruppespil. Tre år senere var han med til at sikre Colombia landets første Copa América-titel nogensinde, da man på hjemmebane vandt guld efter finalesejr over Mexico.[4] Córdoba spillede fem af sit lands seks kampe i turneringen, hvor colombianerne vakte opsigt ved ikke at lukke et eneste mål ind.