I Tyskland blev han nationalhelt for sin deltagelse i søslaget mod Danmark under Treårskrigen (den slesvig-holstenske krig) i 1849, hvor han var øverstkommanderende for de tyske forbundstropper ved Slaget i Egernførde Fjord.
Liberal politik
Ernst 2.’s fætter Karl zu Leiningen var ministerpræsident i den provisoriske og liberale tyske regering, som det revolutionære Frankfurterparlament udnævnte i 1848.
Ernst 2.’s regeringsførelse var i begyndelsen liberal. I 1852 fik de to hertugdømmer en fælles grundlov, hvor borgerrettighederne fra Paulskirkeforfatningen blev indskrevet. Der blev indført almindelige valgret for mænd over 25 år. Desuden blev forenings- og forsamlingsfriheden sikret.
Ernst 2. var én af lederne i den liberale nationalbevægelse, der ønskede frihed og enhed for det tyske folk.
Under hans beskyttelse blev den første tyske Turn- und Jugendfest (gymnastik- og ungdomsfest) arrangeret i Coburg i 1860. Samme år holdt Deutscher Nationalverein (den tyske nationalforening) sin første generalforsamling i Coburg. I 1861 fulgte den første Schützenfest (skyttefest) i Gotha, og i 1862 blev Deutscher Sängerbund grundlagt i Coburg. Alle disse initiativer og organisationer var vigtige for den tyske nationalbevægelse.
I opposition til Bismarck
På grund af sit nære forhold til andre fyrstehuse i Europa, bl.a. de britiske, belgiske og portugisiske kongefamilier, var Ernst 2. en ledende skikkelse i oppositionen mod Otto von Bismarcks politik. Dette forhindrede dog ikke Sachsen-Coburg og Gotha i at deltage i den preussisk-østrigske krig på preussisk side.
Ægteskab
Ernst 2. var gift med prinsesse Alexandrine af Baden. Der blev ikke født børn i ægteskabet.
