Jørgensen var en af de bærende kræfter inden for den danske filantropi og har navnlig virket som sekretær ved De samvirkende Menighedsplejer siden disses stiftelse 1902, endvidere deltaget i oprettelsen af børneplejestationerne og gamles landophold, var medlem af den danske komité for nordisk filantropisk samarbejde med mere. Under og efter 1. Verdenskrig har han både hjemme og i udlandet været virksom for at lindre den af krigen opståede nød blandt andet som medlem af Dronningens Centralkomité af 1914 og Kollegahjælpen, til hvilken han tog initiativet. Efter 1. Verdenskrig var der ønske om at støtte de europæiske lutherske kirkesamfund i de mest krigshærgede lande. Bestræbelserne blev samlet i Nødhjælpen til Europas evangeliske kirker (nu Folkekirkens Nødhjælp) der på et internationalt møde i København i 1922 blev tilsluttet et mellemkirkeligt fællesinitiativ med Alfred Th. Jørgensen som organisationens leder.
Af teologiske og filantropiske arbejder har Jørgensen bland andet udgivet Den danske FolkekirkesBekendelsesskrifter (2. udgave 1918), Sakramenternes Betydning (1909), Luther (1917), Nordens Kirker og nordiske Aandsstrømninger efter Verdenskrigen (1921), Filantropiens Førere og Former i 19. Aarhundrede (1921) og Af Menighedsplejens Historie i Danmark (1927).
