Mae union ystyr y gair prysor yn ansicr, ond mae'n debygol ei fod yn gyfuniad o'r gair prysg, sef "llwyni" neu "mangoed", a'r terfyniad -or sy'n dynodi amledd. Gellid cynnig fod yr enw yn cyfeirio at y prysgwydd a dyfai yn y cwm.[1]
Llifa Afon Prysor ar hyd y cwm, o'i tharddle yn Llyn Conglog Mawr ar ymyl y Migneint.
Tua milltir ahanner o ben uchaf y cwm, ger Craig yr Aderyn, ceir adfeilion Castell Prysor, castell sy'n dyddio o gyfnod Owain Gwynedd. Arhosodd Brenin Lloegr Edward 1af yma yn 1284, a mae llythyr a ysgrifennodd wedi ei gyfeirio o'r castell, yn bodoli.
Roedd y rheilffordd o Blaenau Ffestiniog i Bala yn rhedeg drwy'r cwm, ond fe'i caewyd pan foddwyd Cwm Tryweryn i greu cronfa ddŵr i Lerpwl yn 1965.