Do roku 1910 v místě dnešní osady stála jen hájenka, kterou několik generací obhospodařovala rodina Paleczků. V roce 1910 zde výstavbou železniční trati vznikl železniční uzel. Jméno Černý Kříž získala stanice v roce 1924 (do té doby se jmenovala U černého kříže). Ve třicátých letech 20. století zde žily tři desítky lidí[2].
Staniční budova na adrese Stožec 32 byla stavěna podle projektu z roku 1892 používaného při stavbě místních drah po celých Čechách (stejný projekt byl použit pro stavbu nádraží např. ve Volarech, Lenoře, Prachaticích či Volyni). Bývala zde vodárna, dřevěné skladiště a rampa[3].