4. února 1938 byl jmenován náčelníkem vrchního velitelství pozemního vojska Oberkommando des Heeres (OKH), kde vystřídal generálplukovníka Wernera von Fritsche, který byl neprávem nařčen z homosexuality a donucen rezignovat.
V létě 1938 nesouhlasil s plánem kancléřeAdolfa Hitlera vojensky zaútočit na Československo, a začal se stýkat s podobně smýšlejícími důstojníky a politiky. Dohodli se, že pokud by byl rozkaz k útoku opravdu vydán, provedou státní převrat a Hitlera sesadí.[1] K válce ani převratu nedošlo, protože se Československá vláda 30. září 1938 rozhodla přijmout podmínky Mnichovské dohody.
Za války
Coby velitel pozemního vojska byl von Brauchitsch na počátku války důležitou osobností německé armády. Neshody s Hitlerem, neúspěchy na východní frontě, jakož i vážné zdravotní problémy (v roce 1941 prodělal infarkt)[2] zapříčinily jeho rezignaci a odchod z aktivní vojenské služby.[3] Odešel do ústraní, respektive byl roku 1942 internován do Tří Trubek.[3] Zde vykonával funkci „vrchního lovčího“.[2] Počátek roku 1945 jej zastihl v Brdech. Před koncem války se vrátil do Německa.
Po válce
V srpnu byl 1945 zajat spojenci na svém panství a vězněn v Camp 198 v Jižním Walesu.[3] Byl vyšetřován a za zločiny proti lidskosti souzen. Ještě než mohl být řádně potrestán, zemřel 18. října 1948 na infarkt v Brity kontrolované vojenské nemocnici v Hamburku.[3] Je pohřben na hřbitově Salzgitter v Dolním Sasku.[4]