V soubojích 29. ročníku Přeboru Zlínského kraje 2016/17 (jedna ze skupin 5. fotbalové ligy) se utkalo 14 týmů každý s každým dvoukolovým systémem podzim–jaro. Tento ročník začal v pátek 5. srpna 2016 úvodním zápasem 1. kola a celého ročníku (SK Baťov 1930 – FK Bystřice pod Hostýnem 1:4) a skončil v neděli 18. června 2017 zbývajícím zápasem 26. kola a celého ročníku (TJ Štítná nad Vláří – FC Fryšták 3:0).[1]
Z = Odehrané zápasy; V = Vítězství; R = Remízy; P = Prohry; VG = Vstřelené góly; OG = Obdržené góly; B = Body; (S) = Mužstvo sestoupivší z vyšší soutěže; (N) = Mužstvo postoupivší z nižší soutěže (nováček)
Od ročníku 2014/15 včetně se hraje ve Zlínském kraji tímto způsobem: Pokud zápas skončí nerozhodně, kope se penaltový rozstřel. Jeho vítěz bere 2 body, poražený pak jeden bod. Za výhru po 90 minutách jsou 3 body, za prohru po 90 minutách není žádný bod.