Po vymření dynastie Aviz po meči roce 1580 bylo Portugalské království připojeno jako korunní země ke Španělskému království a na trůn usedl král Filip II. Španělský (potomek po přeslici, ne však primogeniturní), který zde vládl jako Filip I. Moudrý.
Po úspěšné vzpouře proti španělským Habsburkům v roku 1640 usedl na trůn vévoda z Braganzy Jan a vládl pod číslovkou čtyři. Janův pra-pra-praděd z otcovy strany Alfons z Braganzy byl nemanželským synem prvního krále z Avizské dynastie Jana I. Jeho babička taktéž o otcovy strany byla vnučkou a primogeniturní dědičkou krále Manuela I. Braganzové vládli až do roku 1853, kdy nastoupili jejich následníci po přeslici z Braganzsko-koburské dynastie. Ti vládli do roku 1910 kdy byl poslední portugalský král Manuel II. Nešťastný donucen opustit království.
První portugalskou kolonií se stala v roce 1415Ceuta na severoafrickém pobřeží (dnes ve španělských rukou). Ostrov Madeiru objevili portugalští mořeplavci o čtyři roky později. V roce 1441 byla do Lisabonu dopravena první loď s otroky, tento druh obchodu s lidmi se později stal velice výnosný.
Portugalci dospěli na pobřeží Senegalu a Sierry Leone v roce 1445, resp. 1446, mezitím probíhala kolonizace Madeiry a Azorských ostrovů, objevených v roce 1427. Na významných místech na pobřeží Afriky Portugalci vztyčovali dřevěné kříže, později kamenné sloupy (Padrões, singulár: Padrão), které označovaly portugalské teritoriální nároky. Na sloupech byl latinsky a portugalsky napsán rok připlutí, jméno námořníka a vládnoucího krále.
Objevení zlata v dnešní Ghaně podpořilo další snahy o objevování nových zemí – zámořské plavby se stávaly velice výnosnými.
Na základě Smlouvy z Tordesillas získalo Portugalsko také exkluzivitu v plavbě okolo Afriky, Vasco da Gama v roce 1498 jako první Evropan doplul okolo Afriky do Indie, kde založil první portugalská stanoviště. Portugalsko se brzy stalo centrem obchodu s Orientem.