Marie byla velmi krásná žena modrých očí a světle rudohnědých vlasů, tedy s typickými znaky členů rodu Trastámarů, potomků Petra I. Kastilského.
Manželství
Mariini rodiče původně plánovali její sňatek se skotským králemJakubem IV. Skotským; v té době se její mladší sestra Kateřina provdala za anglického následníka trůnu Artura a Katolická Veličenstva doufala, že dvě sestry jako dvě královny sousedních zemí Anglie a Skotska dokáží udržet mír mezi svými manželi. Plány však vzaly za své, když roku 1498 zemřela její starší sestra Isabela, manželka portugalského králeManuela I. V rámci pokračování politiky sňatků mezi královskými rodinami Španělska a Portugalska byla Marie 30. října roku 1500 v Alcazar de Sal provdána za Manuela I., vdovce po své starší sestře Isabele, jež zemřela dva roky předtím. Manželství s Marií umožňovalo Manuelovi plánovat budoucí sjednocení království iberského poloostrova pod jeho vládou.
Marie byla horlivou stoupenkyní Manuelových snah majících za cíl zničení islámských svatých měst Mekky a Mediny, obsazení území ovládaných muslimy a zpětného dobytí svatých míst křesťanských, především Jeruzaléma.
Stejně tak podporovala svého manžela v jeho snahách o „očištění“ Portugalska od Židů a muslimů; v roce 1508 od něj získala odpuštění za násilný a ničivý pogrom proti Židům v roce 1506.
Potomci
Z manželství Marie a Manuela, jež trvalo 17 let, vzešlo deset potomků, z nichž osm se dožilo dospělosti, pouze dva zemřeli jako děti:
Jan III. (6. června 1502 – 11. června 1557), král portugalský a algavre od roku 1521 až do své smrti, ⚭ 1525 Kateřina Habsburská (14. ledna 1507 – 12. února 1578)
Isabela (24. října 1503 – 1. května 1539), ⚭ 1526 Karel V. (24. února 1500 – 21. září 1558), španělský král, římský král a císař, vévoda burgundský
Beatrix (31. prosince 1504 – 8. ledna 1538), svrchovaná hraběnka z Asti, ⚭ 1521 Karel III. Savojský (10. října 1486 – 17. srpna 1553), vévoda savojský
Ludvík (3. března 1506 – 27. listopadu 1555), vévoda z Beji, zemřel svobodný, ale měl nelegitimního syna, Antonína, který byl po dobu 33 dní v roce 1580 portugalským králem
Fernand (5. června 1507 – 7. listopadu 1534), vévoda z Guardy a Trancosa, ⚭ 1530 Guiomar Coutinho, 5. hraběnka z Marialva
Jindřich I. (31. ledna 1512 – 31. ledna 1580), král portugalský a algarve od roku 1578 až do své smrti, svobodný a bezdětný
Marie (*/† 3. února 1513)
Eduard (7. října 1515 – 20. září 1540), vévoda de Guimarães, ⚭ 1537 Isabel z Braganzy (1514–1576)
Antonio (*/† 9. září 1516)
Smrt
Marie zemřela v Lisabonu 7. března roku 1517, ve věku 35 let, v souvislosti s komplikacemi po porodu posledního dítěte, syna Antonia, který se narodil 9. září předchozího roku a žil jen několik dní. K poslednímu odpočinku byla uložena v Klášteře svatého Jeronýma v Belému u Lisabonu (dnes Lisabonské předměstí).