Roku 1900 při příznivější atmosféře mezi Ruskem a Koreou byli misionáři posláni podruhé úspěšně, ale pod vedením archimandrity Chrysanta Ščetkovského, který začal vynikajícím úspěchem v Soulu. V Koreji se spojil s hierodiakonem Mikulášem Alexejevem a Jonášem Leftšenkem. Dne 17. února1900 byla v provizorní kapli odsloužena první pravoslavná liturgie na Korejském poloostrově.
První pravoslavný kostel byl postaven roku 1903 v Jung Dong, v centrální oblasti Soulu a byl zasvěcen svatému Mikuláši. Nicméně, s japonskou okupací Koreje v průběhu let 1910–1945 přišlo intenzivní období pronásledování pravoslavných křesťanů. Navzdory pronásledování byl roku 1912 vysvěcen první korejský kněz Ioannis Kang.
V listopadu 1921 Svatý synod Moskevského patriarchátu ukončil svou podporu církve v Koreji a Japonská pravoslavná církev se vzdala jurisdikční autority. Tudíž se od roku 1946 Pravoslavná církev v Koreji organizovala jako farnost.
Roku 1947 došlo k vysvěcení třetího korejského kněze Alexeie Kima ale o tři roky později byl zajat a zmizel bez záznamu. Vzhledem ke korejské válce bylo pravoslavné křesťanské společenství rozptýleno a formální praxe víry byla narušena.
Nicméně roku 1953 vojenský kaplan archimandrita Andrew Halkiopulos z Řecké církve byl korejskými věřícími obeznámen o situaci a zařídil pro Soulskou farnost obnovení.
Následující rok byl korejský pravoslavný křesťan Boris Moon vysvěcen arcibiskupem Irenejem Japonským. Poté na Štědrý večer roku 1955 se církev jednomyslným rozhodnutím dostala pod juridikci Konstantinopolského patriarchátu.
Roku 1975 se archimadnrita Sotirios Trambas dobrovolně přihlásil ke službě v Korejské misii Ekumenického patriarchátu. V následujících letech založil klášter a několik farností, a to jak v Koreji, tak i na jiných místech Asie, a seminář.
Roku 1993 Svatý synod v Konstantinopoli zvolil archimandritu Sotiriose Trambasa biskupem Zelonu a pomocným biskupemNového Zélandu. V této roli sloužil jako exarcha Korey. Dne 20. dubna2004 byl exarchát povýšen na metropoli a biskup Sotirios se stal prvním metropolitou Korey.
Dne 28. května2008 metropolita Sotirios z Koreje, první metropolita pravoslavné metropole v Koreji rezignoval a přijal titul metropolity Pisidie. Ve stejný den byl biskup Ambrosios ze Zelonu a pomocný biskup metropole zvolen novým metropolitou.
V současné době existuje 10 korejských pravoslavných farností s několika sty členy v Jižní Koreji a také dva kláštery. Navíc roku 2006 vláda Severní Korey podpořila vytvoření alespoň jedné pravoslavné farnosti Ruské pravoslavné církve v hlavním městě Pchjongjangu.
