Po smrti Františka Hyacinta princové Mořic a Tomáš započali se španělskou podporou občanskou válku. Dvě strany, které byly ve válce proti sobě byly známy jako „principisti“, ti podporovali prince a „madamisti“, kteří podporovali regentku Kristinu. S podporou jejího bratra Ludvíka XIII. byla Kristina schopna nepřátele porazit a udržet si vládu.
Manželství
Dne 8. prosince 1650 se provdala za budoucího bavorského kurfiřta Ferdinanda Maria. O rok později se stal Ferdinand kurfiřtem po smrti svého otce Maxmiliána.
Měla silný vliv na bavorské zahraniční věci. Vše dělala ve prospěch Francie a francouzského vládnoucího rodu, jehož byla její matka členem. To vedlo ke spojenectví Francie a Bavorska proti Rakousku. Jedním z výsledků aliance byl sňatek Jindřiščiny nejstarší dcery Marie Anny s jejím bratrancem Ludvíkem v roce 1680.
Jindřiška Adéla Savojská
Měla vedoucí úlohu při budování Nymphenburgu a kostela Theatine v Mnichově, do kterého přivedla italské umělce a italskou operu. Zemřela v Mnichově, pochována byla v kostele Theatine, který s manželem nechali postavit jako poděkování za narození syna, prince Maxmiliána Emanuela v roce 1662.
