V soubojích 5. ročníku Jihomoravského krajského přeboru 1964/65 (jedna ze skupin 3. fotbalové ligy) se utkalo 14 týmů každý s každým dvoukolovým systémem podzim–jaro. Tento ročník začal v srpnu 1964 a skončil v červnu 1965. Byl to poslední ročník v třetiligové historii Jihomoravského krajského přeboru, od sezony 1965/66 byl přejmenován na Jihomoravský oblastní přebor a stal se 4. nejvyšší soutěží.
Po sezoně 1964/65 proběhla reorganizace nižších soutěží, skupinami 3. nejvyšší soutěže se staly divize (do Divize D 1965/66 postoupilo nejlepších 6 mužstev), krajské přebory se přejmenovaly na oblastní a staly se skupinami 4. nejvyšší soutěže.
Z = Odehrané zápasy; V = Vítězství; R = Remízy; P = Prohry; VG = Vstřelené góly; OG = Obdržené góly; B = Body; (S) = Mužstvo sestoupivší z vyšší soutěže; (N) = Mužstvo postoupivší z nižší soutěže (nováček)