Do Athleticu Bilbao přišel v roce 2006, před jeho 18. narozeninami. Objevil se v 251 oficiálních zápasech v průběhu šesti sezón.
FC Bayern Mnichov
24. listopadu 2012 vsítil gól proti Hannoveru 96, čímž přispěl k výraznému vítězství Bayernu 5:0.[1] S klubem slavil v sezóně zisk ligového titulu již 6 kol před koncem soutěže, ve 28. kole německé Bundesligy.[2] V posledním kole Bundesligy 17. května 2013 vstřelil gól proti Borussii Mönchengladbach (výhra 4:3).[3]
V prvním zápase semifinále Ligy mistrů 2012/13 23. dubna 2013 byl u výhry 4:0 nad Barcelonou, která byla dosud velmi suverénní. Javi odehrál stejně jako jeho spoluhráči velmi dobré utkání. Bayern si zajistil výbornou pozici do odvety[4], kterou ovládl poměrem 3:0 a postoupil do finále. V něm 25. května ve Wembley proti Borussii Dortmund nastoupil v základní sestavě, Bayern zvítězil 2:1 a získal nejprestižnější pohár v evropském fotbale.[5] Ve finále DFB-Pokalu 1. června 2013 porazil Bayern s Martínezem v sestavě VfB Stuttgart 3:2 a získal tak treble (tzn. vyhrál dvě hlavní domácí soutěže plus titul v Lize mistrů resp. PMEZ) jako sedmý evropský klub v historii.[6][7]
Martínez působil v mládežnických reprezentacích Španělska.
S týmem do 21 let vyhrál roku 2011 Mistrovství Evropy U21 v Dánsku, když Španělé zvítězili ve finále nad Švýcarskem 2:0. V týmu byl kapitánem.[9][10]
V létě 2012 byl zařazen na soupisku španělského výběru do 23 let pro Letní olympijské hry 2012 v Londýně. Španělsko (které mělo na soupisce i hráče z A-mužstva) zde bylo po vítězství na EURU 2012 největším favoritem, ale po dvou prohrách 0:1 (s Japonskem a Hondurasem) a jedné remíze s Marokem (0:0) vypadlo překvapivě již v základní skupině D.[11][12][13]
A-mužstvo
V A-mužstvu Španělska přezdívaném La Furia Roja debutoval 29. 5. 2010 v rakouském Innsbrucku v přátelském zápase proti týmu Saúdské Arábie (výhra 3:2).[14]