Narodil se ve starém selském rodě v Kralupech jako jedno z 10 dětí. Kralupy v té době byly malou vesničkou s 21[3] či 18[4] staveními. Statek zvaný u Jodlů či Jodlovna, č. p. 16, patřil k nejstarším a největším ve vsi, Jodlovi zde byli usazeni od roku 1687. Patřilo k němu 65 strychů polí, výsadní hospoda a dvě velké zahrady.[3]
Do školy chodil v Minicích, v Praze pak vystudoval gymnázium a klasickou filologii. Pod vlivem Josefa Dobrovského se stal znalcem slovanských jazyků (ovládal je téměř všechny) a nadšeným slavjanofilem. Krom toho ovládal němčinu, italštinu, francouzštinu, latinu a řečtinu.[3]
Prvním jeho pedagogickým působištěm byl Písek, poté učil na gymnáziu v Jičíně. Od druhého pololetí školního roku 1815/1816 získal v konkurzu na gymnáziu v Litoměřicích (kde se usadil 16. února 1816) místo profesora, které se uvolnilo po 16letém působení Josefa Jugmanna, který odcházel do Prahy. V tomto školním roce byla na gymnáziích nařízením dvorské kanceláře zavedena čeština jako nepovinný předmět a proto byli za profesory přednostně přijímáni žadatelé, kteří ji ovládali. Češi tvořili na litoměřickém gymnáziu asi třetinu žactva a výuku češtiny zde Josef Jungmann zavedl již roku 1800, jako první v království.[3]
Ačkoliv v roce Jodlova narození byla na pražské univerzitě otevřena katedra českého jazyka, Dobrovský i Jungmann psali své knihy o češtině německy nebo latinsky. K výuce byla k dispozici německy psaná mluvice Ausführliches Lehrgebäude der böhmischen Sprache od Josefa Dobrovského. Je známo, že tuto učebnici přeložil do češtiny v roce 1822 Václav Hanka. V. J. Nováček však našel v dopise, který psal František Palacký Josefu Jungmannovi 3. prosince 1818, zmínku o Jodlem psaném rukopisu české mluvnice, který Palacký obdržel v balíčku, což by podle Nováčka mohlo znamenat, že Dobrovského mluvnici přeložil do češtiny a zpracoval Jan Jodl už o 4 roky před Hankou. Další stopy tohoto Jodlova rukopisu se však badatelům nepodařilo nalézt.[3] Mezi jeho žáky v Litoměřicích patřili pozdější církevní historik Josef Ginzel, hudební skladatel Václav Jindřich Veit, spolutvůrce Františkových LázníPaul Cartellieri a další.[5]
V Litoměřicích pobyl jen dva a půl roku a odešel do Chorvatska, protože 14. dubna 1818 ve svých 27 letech se stal na základě konkurzu ředitelem gymnázia ve Vinkovcích[3] a současně ředitelem veškerého školství tzv. Vojenské hranice, tedy nárazníkové oblasti mezi habsburskou monarchií a Osmanskou říší (jeho funkce nesla název „generální ředitel studií a všeho školství ve Vojenské hranici Slovanskořímské i v území Šajkášů v Království uherském“).[5] Služební přísahu složil u Krajského úřadu v Litoměřicích a od zdejší vojenské pokladny získal i zálohu na cestovní náklady.[5] S Dobrovským, Jungmannem, Hankou, Šafaříkem, Palackým či Klicperou nadále udržoval písemný styk.[3] Celkem zde působil 7 let.[5]
V roce 1826 se vrátil do vlasti a nastoupil jako profesor na gymnáziu v Brně, kde v německojazyčném prostředí působil až do roku 1848. Toho roku se zúčastnil Slovanského sjezdu v Praze jako „posel národa českoslovanského k národu jihoslovanskému“,[3] z následujících bojů na barikádách obležené Prahy pak unikl přes vltavský jez.[5]
Měl neustále konflikty v zaměstnání i v rodině.[3] Kvůli své účasti v revolučních událostech byl 15. prosince 1848 zbaven místa na brněnském gymnáziu.[3] Kvůli jeho vlasteneckým aktivitám se s ním rozešla i manželka a syn.[5] Jeho jediný syn se odnárodnil a stal se rakouským důstojníkem.[3]
Během života se čtyřikrát pokusil o získání profesury na univerzitě, ale nikdy ji nezískal, což je přičítáno jeho vlastenectví a zaměření jeho literární činnosti.[3]
Přispíval do časopisů Lumír či Květy.[3] Psal odborná jazyková díla, například:[3]
Krasomluva skumná i výkonná čili nauka o prose vyšší neb ozdobné
První počátkové mluvnice latinské na základě jazyka českoslovanského
Česká mluvnice, tiskem nikdy nevyšla, rukopis je uložen ve sbírkách rukopisů Národního muzea.
Na přímluvu vlivných přátel získal nakrátko ještě místo na akademickém gymnáziu v Praze a roku 1851[3] (či 1861[5]) byl penzionován. Nejprve žil opuštěný a sám s malou penzí v Praze, po deseti letech si ho jako sedmdesátiletého odvezl synovec Matěj Jodl na rodinný statek do Kralup a příbuzní mu zde poskytovali obživu. Napsal a vlastním nákladem roku 1866 vydal čítanku s názvem Děje- národo- a mluvopisný obzor česko-slovanský částečně i všeslovanský, čímž se nesmírně zadlužil. Napsal také Českou mluvnici, která však tiskem nikdy nevyšla.[3]
Zemřel 28. ledna roku 1869 roztrpčen a zklamán. Jeho pohřbu na minickém hřbitově se zúčastnili tři kněží a tisíce lidí z Podřipska a byl pohřben v rodinné hrobce Jodlů. Na později postaveném pomníku jsou vytesána jména 15 členů rodiny, ale jeho jméno mezi nimi chybí.[3] Poslední potomci rodu prodali usedlost v Kralupech v roce 1919[6] či 1920 Sokolu, který zde sídlí dodnes.[3] Na výstavbu zamýšleného velkého Sokolského domu na tomto pozemku však Sokol nikdy peníze nenašetřil. V roce 1932 byla na Jodlovně odhalena pamětní deska Janu Kř. Jodlovi Kralupskému.[3] Ulice, v níž se dům nachází, dostala na počest Jana Jodla jméno Jodlova.[4]
