Jan František hrabě ze Schaffgotsche, svobodný pán z a na Kynastu a Greiffensteinu se narodil jako syn hraběte Jana Arnošta Maxmiliána ze Schaffgotsche (19. srpna 1742 – 27. května 1825) z jeho druhého manželství s Johanou Nepomucenou Candidou z Blümegenu (3. října 1765 – 7. února 1811).
V roce 1808 Jan František vstoupil do císařské armády do pluku švališérůVincent. V roce 1809 se v hodnosti nadporučíka zúčastnil bitvy u Aspern.
V hodnosti kapitána se v roce 1813 v řadách kyrysnického pluku č. 6 účastnil bojů slavné bitvy "národů" u Lipska. O rok později se účastnil bojů v severní Francii. V roce 1815 se vrátil k pluku Vincent s nímž absolvoval tažení v Itálii do Neapole. V červnu 1834 se stal plukovníkem hulánského pluku Schwarzenberg, kde setrval až do roku 1841.
23. března 1849 se jeho vojáci vyznamenali také v bitvě u Novary. Hrabě Schaffgotsch i přes vlastní defenzivní pozici vyslal prapor hraběte Kinského a vídeňských dobrovolníků na pomoc arcivévodovi Albrechtu Bedřichovi, a umožnil tak úspěšný protiútok na pravém křídle u Olenga. Za svou statečnost v taženích v letech 1848 a 1849 obdržel v roce 1850 Rytířský kříž vojenského řádu Marie Terezie a byl jmenován velitelem kyrysnického pluku č. 5.
