V době reformace v 16. století vznikla v roce 1559 v Podmoklech (německy Bodenbach) protestantská farnost, která však v roce 1624 v průběhu protireformace zanikla.
Výstavbou kostela byl pověřen drážďanský architekt Gotthilf Ludwig Möckel, který zde v letech 1881-1884 postavil kostel v pseudogotickém slohu, jako zjednodušenou kopii vlastního dřívějšího kostela sv. Lukáše ve Cvikově-Planicích z let 1873-1876. Stejně jako cvikovský kostel je budova v Podmoklech koncipována jako trojlodníbazilika s nízkými bočními loděmi, širokou příčnou lodí a západní věží v průčelí, která nad hřebenem přechází v osmibokou.[1]
Jak připomíná tabulka na zdi kostela, konal se zde 15. ledna 1923 varhanní koncert Alberta Schweitzera.
↑Václav Zeman: Sächsische Architekten und der evangelische Kirchenbau in Nordwestböhmen um 1900. In: Sächsische Heimatblätter, 2018, S. 163. digitalisat