La cinquena temporada consecutiva a Tercera Divisió de la nova etapa de la Unió Esportiva Figueres va arrencar el 18 de juliol de 2016, amb l'inici de la pretemporada, en la qual l'equip va fer una estada de tres dies a l'Armentera. La presentació oficial a l'estadi de Vilatenim va tenir lloc el 30 de juliol en un partit amistós contra l'Al-Wahda de la màxima competició dels Emirats Àrabs Units, davant de 200 espectadors.
Durant l'estiu, l'equip havia realitzat 14 renovacions, 3 fitxatges i 5 incorporacions de la casa (el retorn de Bonaventura i el pas de Valeros, Torquemada, Vila i Genís). No obstant, la gran novetat va ser la incorporació de Narcís Chicho Pèlach a la banqueta de la Unió, que dirigiria l'equip com a primer entrenador (la temporada passada havia compaginat l'activitat de jugador amb la d'entrenador del primer equip juvenil).
L'equip va fer un mal inici de campanya a la lliga, estancat a la 16a posició durant diverses jornades, no guanyant cap partit fins al mes d'octubre. A partir d'aquell primer triomf a Vilatenim contra l'AEC Manlleu, l'equip es va recuperar i va pujar fins a la 6a posició, però en una campanya global irregular la Unió ja no es mouria de la mitja taula i va acabar 9è (amb 50 punts, tot just 1 punt menys que la passada).
2016
2017
Llegenda: · Capità · Juvenil · Lesionat · Altes · Passaport europeu · Extracomunitari · Extracomunitari sense restricció
Altres jugadors utilitzats a la pretemporada i a la lliga: Josep Maria Chavarría Pérez (juvenil, va disputar minuts amb el primer equip a Tercera divisió), Marcos Foraster Nhali (juvenil), Enric Genís Sitjà (juvenil), Marçal Juanola Aguilar (juvenil), Alfredo Labrador Rodríguez (CF Base Roses), Gerard Mercader Corretger (juvenil), Max Serra Camós (juvenil), Albert Rigau Ferrer (CEF Gironès-Sàbat), Jordi Turón Sureda (juvenil), Iván Vargas Balmon (juvenil)