MacKinnon va començar a treballar amb la CNN el 1992 com a assistent de la corresponsalia de Pequín. El 1997 va ascendir a productora-Corresponsal i el 1998, cap de la corresponsalia.[4] El 2001 va esdevenir cap de la corresponsalia de Tòquio. Durant la seva estada a la CNN, va entrevistar destacats líders com ara Junichiro Koizumi, el Dalai Lama, Pervez Musharraf i Muhammad Khatami.
A la primavera de 2004 MacKinnon va ser membre del Joan Shorenstein Center on the Press, Politics and Public Policy al John F. Kennedy School of Government de la Universitat Harvard.[5] Des de l'estiu del mateix any fins al desembre de 2006 es va unir al Berkman Center for Internet & Society de la Harvard Law School.[6] Entre els seus projectes del Berkman Center, MacKinnon va fundar Global Voices Online en la col·laboració amb Ethan Zuckerman.[7] El gener de 2007 es va unir al Journalism and Media Studies Centre de la Universitat de Hong Kong, on hi va romandre fins al gener de 2009.[8] Entre el febrer de 2009 i el gener de 2010 va dirigir la recerca i redacció com a Open Society Fellow, finançada a través de les Fundacions Open Society de George Soros.[9] Posteriorment, el febrer de 2010 es va unir al Center for Information Technology Policy de la Universitat de Princeton, treballant en un llibre sobre el futur de llibertat d'Internet.[10] Des del setembre de 2010 és també membre de la Fundació New America.
El gener de 2007 va entrar a formar part del Consell Assessor de la Fundació Wikimedia.
Obra
El primer llibre publicat de MacKinnon, Consent of the Networked: The Worldwide Struggle For Internet Freedom (ISBN 978-0465024421), va ser publicat per Basic Books el gener de 2012. En una entrevista, va afirmar que:[11]
«
No podem suposar que Internet evolucionarà de forma automàtica en una direcció que serà compatible amb la democràcia. Dependrà de com la tecnologia estarà estructurada, regida i utilitzada. Els governs i les empreses estan treballant activament per donar forma a Internet per satisfer les seves pròpies necessitats. Les situacions més insidioses sorgeixen quan els governs i les empreses uneixen els seus esforços per exercir el poder sobre les mateixes persones de forma, en gran mesura, incohibida i inexplicable. Per això argumento que si no ens despertem i lluitem per la protecció dels nostres propis drets i interessos a Internet, no ens haurà de sorprendre descobrir que ja ho hauran programat, legislat, i venut.