Els Municipis del Cantó de Schaffhausen (Suïssa) eren 36 i amb la reforma del 1999, que a més va suprimir els districtes. Durant la primera dècada del segle XXI diverses reformes van reduir el nombre de municipis fins a 32. L'última reforma es va dur a terme el 2009.
El cantó de Schaffhouse té dos fragments separats de la resta del territori cantonal. El primer està format pels municipis de Buchberg i Rüdlingen, situat entre el Cantó de Zuric i Alemanya. El segon és el que formen els municipis de Buch, Hemishofen, Ramsen i Stein am Rhein situat entre Turgòvia i Alemanya.