Com a president, Mursi va emetre una declaració constitucional temporal el novembre de 2012 que li atorgava poders il·limitats i el poder de legislar sense supervisió judicial ni revisió de les seves actes, en prevenció de la prevista dissolució de l'assemblea constituent per part de jutges de l'era de Mubarak. L'assemblea constitucional amb domini islamista va acabar ràpidament la nova constitució, presentada al president i es preveia un referèndum abans que el Tribunal Constitucional Suprem pogués dictaminar la constitucionalitat de l'assemblea. Aquests problemes i denúncies de processos a periodistes i atacs a manifestants no violents, van provocar les protestes del 2012.[8] Com a part d'un compromís, Mursi va rescindir els decrets. Aproximadament dos terços dels electors van aprovar la nova constitució.[9]
Derrocament
Les repetides manifestacions contra el govern de Mursi van provocar un greu conflicte dintre del país, que es va saldar amb la vida de diversos manifestants i tensions arreu del territori Egipci, especialment a la capital. Davant d'aquesta situació, l'exèrcit egipci va enviar un ultimàtum a Mursi que no va gestionar amb la rapidesa i atenció necessària i el dia 3 de juliol del 2013Abdelfatah al-Sisi, cap de les forces armades egípcies, va derrocar en un cop d'estat el president Mursi, traspassant els poders a Adly Mansur, president del Tribunal Constitucional i convocant eleccions anticipades constituents.[10]
El 16 maig de 2015 Mursi va ser condemnat a mort pel Tribunal Penal del Caire acusat d'espionatge i de conspirar amb milícies estrangeres per assaltar diverses presons egípcies durant la Revolució egípcia de 2011, que va permetre l'alliberament de milers de presos, entre ells diversos dirigents dels Germans Musulmans. Segons la versió de la policia avalada pel jutge, en aquests assalts estaven implicats la milícia palestina Hamas i la libanesa Hezbol·là. Mursi es trobava a la presó de Wadi Natrun en aquest moment. La sentència encara no era ferma, a falta de l'informe del Gran Muftí de la República, màxima autoritat religiosa d'Egipte. La sentència definitiva estava previst que es conegués el 2 de juny de 2015. Per aquest mateix motiu també van ser condemnats a la pena capital altres 105 membres dels Germans Musulmans.[11]
La sentència a la pena capital fou revocada i s'ordenà repetir el judici. Mursi va morir durant el procediment entre protestes per no haver tingut el tractament mèdic adient mentre era a presó.[12]