A la mort del seu pare, ocorreguda el febrer de 1621, fou nomenat Gran Duc de Toscana, si bé donada la seva joventut comptà amb la regència de la seva mare fins al 1628. Comptà amb l'estima del seu poble gràcies a la seva simpatia i predispossició, unes qualitats però que el van convertir en mal governant i que no li van permetre mantenir la independència vers les potències estrangeres.
↑Asimov, Isaac. «Fernando II de Toscana». A: Enciclopedia biográfica de ciencia y tecnología : la vida y la obra de 1197 grandes científicos desde la antigüedad hasta nuestros dias (en castellà). Nueva edición revisada. Madrid: Ediciones de la Revista de Occidente, 1973, p. 100. ISBN 8429270043.
↑Gunella, A.; Guia, M. A. «Agli albori della ricerca antiquaria in Tunisia. Giovanni Pagni (1634 - 1676), archeologo e medico pisano nel granducato mediceo.». L'Africa Romana 13, 2000, pàg. 434.