La Comissió va iniciar el seu mandat el 13 de setembre de 1999 després de l'escàndol, que acabà amb la subsegüent renúncia, de la Comissió Santer i que propicià l'establiment de la Comissió Marín de forma interina.
Amb l'ampliació de la Unió Europea (UE) l'any 2004 la Comissió passà de 20 a 25 membres, tants comissaris com estats membres de la Unió, sent així mateix l'última Comissió en tenir dos comissaris d'un mateix país. Gràcies al Tractat d'Amsterdam la Comissió veié incrementada el seu poder i influència, sent descrit Prodi en alguns mitjans com el primer "Primer Ministre de la Unió Europea".[1][2] Gràcies al Tractat d'Amsterdam i l'ampliació dels seus membres la Comissió va considerar la firma i l'apliciacó del Tracatat de Niça com el veritable adveniment d'una Unió Europea forta i consistent, sobretot amb l'objectiu de la signatura d'una Constitució Europea per a tots els estats membres.
Quan la Comissió va iniciar el seu mandat el setembre de 1999 tingué 20 Comissaris, un per cada estat excepte els 5 estats més poblats (Alemanya, Espanya, França, Itàlia i el Regne Unit) que en tenien dos.
L'any 2004 es realitzà una remodelació de la Comissió i entraren a formar part d'aquesta 15 nous comissaris, 5 que reemplaçaren els comissaris que dimitiren abans de finalitzar el seu mandat i 10 dels nous Estats que passaren a formar part de la Unió Europea aquell mateix any. Els comissaris dels nous estats van començar compartint una cartera amb un comissari existent, i rarament es creà un nou càrrec.
La taula següent indica el nombre de comissaris segons la seva alineació política al principi de la Comissió, els que van passar a formar part de la Comissió després de l'ampliació i els que van finalitzar el mandat.
