Fou Ministre de Cultura danès des del 27 de novembre de 2001 fins al setembre del 2008, ministre de justícia des del setembre del 2008 fins al febrer del 2010 i ministre d'Economia del febrer del 2010 fins a l'octubre del 2011. Fou membre dels dos governs del Primer MinistreAnders Fogh Rasmussen.
Mikkelsen és a més, des de l'any 2002, membre de l'Agència Mundial Antidopatge, fou el vicepresident durant els anys 2004-2006.