El 1528, revoltatada la població, el bisbe Enric II de Baviera va vendre el bisbat a l'emperador Carles V del Sacre Imperi Romanogermànic i això va acabar amb el domini temporal dels bisbes. No obstant el bisbat va subsistir com a jurisdicció catòlica.
El 1580, quan els protestants prohibiren el catolicisme, l'arquebisbat es va abolir de fet, tot i que Felip II de Castella va intentar dues vegades d'hi anomenar un arquebisbe nou. De 1592 a 1853 el territori sense bisbe passà, quant a l'administració de l'església catòlica sota la juridicció del vicari apostòlic de la missió d'Holanda.
La constitució dels Països Baixos de 1848 va garantir la llibertat de religió i l'establiment de bisbats catòlics. El 1853 fou creat un nou arquebisbat catòlic a Utrecht.
