La bioinformàtica estructural és la branca de bioinformàtica que està relacionada amb l'anàlisi i la predicció de l'estructura tridimensional de macromolècules biològiques com ara proteïnes, ARN, i ADN. Tracta sobre generalitzacions de l'estructura macromolecular en 3D com comparacions de plegaments generals i motius locals, els principis de plegament molecular, l'evolució i les interaccions d'unions i les relacions estructura/funció, treballant tant amb les estructures resoltes experimentalment com amb models computacionals. El terme "estructural" té el mateix significat que en biologia estructural i, de fet, la bioinformàtica estructural pot ser vista com una part de la biologia computacional estructural.