El 1469 davant la greu malaltia que patia (epilèpsia) decidí convocar un consell de regència sota la direcció de la seva esposa Violant i retirar-se de la vida política. El seu germà Felip de Savoia capitanejà una revolta contra Amadeu IX per la seva intenció de deixar el govern sota les regnes de Violant, arribant a ser capturat i només posat en llibertat sota l'amenaça d'atac del Regne de França.
Al final del seu mandat Amadeu IX es traslladà a la població de Vercelli, on morí el 30 de març de 1472.
Beatificació
Home de poca significació política, durant la seva malaltia va enfortir la seva fe. Molt estimat pel seu poble, al que sentia molt proper, va destacar per la seva caritat envers els necessitats, fet pel qual va rebre el sobrenom de Beat. De vida frugal i austera, dedicava la seva fortuna als pobres. Va donar suport a la idea de Pius II de fer una croada per alliberar Constantinoble.