Svjetski kup u biatlonu 1998/99. je 22-o po redu takmičenje biatlonaca za Svjetski kup u biatlonu u organizacijiMeđunarodnog biatlonskog saveza (IBU). Sezona je počela 11. decembra 1998. u Hochfilzenu u Austriji, a završena 15. marta 1999. u Holmenkollenu u Norveškoj. U ovoj sezoni, takmičenja su održavana po 17-i put u ženskoj konkurenciji. Takmičenja u muškoj konkurenciji održana su u disciplinama pojedinačno na 20 km, sprint 10 km, potjera 12,5 km, štafeta 4 × 7,5 km i masovni start, a u ženskoj pojedinačno na 15 km, sprint 7,5 km, potjera 10 km, masovni start, i štafeta 4 × 7,5 km. Vrhunac takmičenja bilo je Svjetsko prvenstvo na finskom Kontiolahtiju, na kojem su održana takmičenja u ženskoj i muškoj konkurenciji u disciplini sprint, potjera i štafeta, koja su se bodovala za plasmanu Svetskom kupu. Takmičenja za Svjetsko prvenstvo u disciplinama pojedinačno i masovni star održana su u Holmenkollenu u okviru takmičenja Svjetskog kupa. Ukupni pobjednik Svjetskog kupa u muškoj konkurenciji postao je Nijemac Sven Fischer, dok je u ženskoj konkurenciji po treći put pobijedila Šveđanka Magdalena Forsberg. Od ove sezone zvanično se vode pobjede i ukupni plasman u disciplini masovni start.
Od sezone 1984/85., pa sve do sezone Svjetskog kupa 1999/2000. koristi se novi sistem bodovanja u kome pobjednik dobija 30 bodova, drugi 26, treći 24 itd.[1] Ovaj sistem je zamijenio stari sistem od prve sezone 1978. po kojem je pobjednik dobijao 25 bodova, drugi 24, treći 23 i svaki slijedeći plasman bod manje.[2]
U ovoj sezoni se svakom takmičaru brisalo 6 slabih rezultata, koji nisu ulazili u bodovanje za ukupan plasman i to 2 rezultata u sprintu, 2 u pojedinačnoj utrci, 1 u masovnom startu i jedan u potjeri)