SHOC1

SHOC1
Identifikatori
Aliasi	SHOC1
Vanjski ID-jevi	OMIM: 618038 MGI: 2140313 HomoloGene: 79783 GeneCards: SHOC1
Lokacija gena (čovjek) Hrom. Hromosom 9 (čovjek)[1] Bend 9q31.3 Početak 111,686,171 bp[1] Kraj 111,795,008 bp[1]
Lokacija gena (miš) Hrom. Hromosom 4 (miš)[2] Bend 4|4 B3 Početak 59,043,753 bp[2] Kraj 59,138,983 bp[2]
Ontologija gena Molekularna funkcija • vezivanje sa DNK • single-stranded DNA binding • hydrolase activity • ATPase activity Ćelijska komponenta • kondenzovani nuklearni hromosom • hromosom Biološki proces • resolution of meiotic recombination intermediates • GO:0007126 Mejoza Izvori:Amigo / QuickGO
Ortolozi
Vrste	Čovjek	Miš
Entrez	158401	100155
Ensembl	ENSG00000165181	ENSMUSG00000038598
UniProt	Q5VXU9	A2ALV5
RefSeq (mRNK)	NM_001080551 NM_173521 NM_001378211 NM_001378212	NM_001033200 NM_001370843
RefSeq (bjelančevina)	NP_001074020 NP_775792 NP_001365140 NP_001365141	NP_001357772
Lokacija (UCSC)	Chr 9: 111.69 – 111.8 Mb	Chr 4: 59.04 – 59.14 Mb
PubMed pretraga	[3]	[4]
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjek Pogledaj/uredi – miš

Skraćenje hijazmi 1, znano i kao SHOC1, je protein koji je kodljudi kodiran genom SHOC1.

Aminokiselinska sekvenca

Dužina polipeptidnog lanca je 1.444 aminokiseline, a molekulska težina 165.202 Da^[5]

• C: Cistein
• D: Asparaginska kiselina
• E: Glutaminska kiselina
• F: Fenilalanin
• G: Glicin
• H: Histidin
• I: Izoleucin
• K: Lizin
• L: Leucin
• M: Metionin
• N: Asparagin
• P: Prolin
• Q: Glutamin
• R: Arginin
• S: Serin
• T: Treonin
• V: Valin
• W: Triptofan
• Y: Tirozin

10		20		30		40		50
MTDTSVLDQW		KASFFVEDFL		EKKTITRMVT		QINCEFEEVV		PSSNPDSQIE
VEEVSLYTHM		DYNEVFTPVS		CLEKCSALQN		QNQDLFIDDK		GILFVSSRKH
LPTLPTLLSR		LKLFLVKDPL		LDFKGQIFTE		ANFSRECFSL		QETLEAFVKE
DFCMDKVNFC		QEKLEDTICL		NEPSSFLIEY		EFLIPPSLKP		EIDIPSLSEL
KELLNPVPEI		INYVDEKEKL		FERDLTNKHG		IEDIGDIKFS		STEILTIQSQ
SEPEECSKPG		ELEMPLTPLF		LTCQHSSVNS		LRTELQTFPL		SPVCKINLLT
AEESANEYYM		MWQLERCRSP		LNPFLLTVPR		IQEPHSQYSV		TDLKKIFSVK
EESLVINLEK		AEWWKQAGLN		LKMMETLEHL		NTYLCHDNLS		SNDTKIEIFL
PTKVLQLESC		LEHKSHSSPI		ALIDEKSTNA		HLSLPQKSPS		LAKEVPDLCF
SDDYFSDKGA		AKEEKPKNDQ		EPVNRIIQKK		ENNDHFELDC		TGPSIKSPSS
SIIKKASFEH		GKKQENDLDL		LSDFIMLRNK		YKTCTSKTEV		TNSDEKHDKE
ACSLTLQEES		PIVHINKTLE		EINQERGTDS		VIEIQASDSQ		CQAFCLLEAA
ASPILKNLVS		LCTLPTANWK		FATVIFDQTR		FLLKEQEKVV		SDAVRQGTID
EREMTFKHAA		LLHLLVTIRD		VLLTCSLDTA		LGYLSKAKDI		YNSILGPYLG
DIWRQLEIVQ		FIRGKKPETN		YKIQELQCQI		LSWMQSQQQI		KVLIIIRMDS
DGEKHFLIKI		LNKIEGLTLT		VLHSNERKDF		LESEGVLRGT		SSCVVVHNQY
IGADFPWSNF		SFVVEYNYVE		DSCWTKHCKE		LNIPYMAFKV		ILPDTVLERS
TLLDRFGGFL		LEIQIPYVFF		ASEGLLNTPD		ILQLLESNYN		ISLVERGCSE
SLKLFGSSEC		YVVVTIDEHT		AIILQDLEEL		NYEKASDNII		MRLMALSLQY
RYCWIILYTK		ETLNSEYLLT		EKTLHHLALI		YAALVSFGLN		SEELDVKLII
APGVEATALI		IRQIADHSLM		TSKRDPHEWL		DKSWLKVSPS		EEEMYLLDFP
CINPLVAQLM		LNKGPSLHWI		LLATLCQLQE		LLPEVPEKVL		KHFCSITSLF
KIGSSSITKS		PQISSPQENR		NQISTLSSQS		SASDLDSVIQ		EHNEYYQYLG
LGETVQEDKT		TILNDNSSIM		ELKEISSFLP		PVTSYNQTSY		WKDSSCKSNI
GQNTPFLINI		ESRRPAYNSF		LNHSDSESDV		FSLGLTQMNC		ETIKSPTDTQ
KRVSVVPRFI		NSQKRRTHEA		KGFINKDVSD		PIFSLEGTQS		PLHWNFKKNI
WEQENHPFNL		QYGAQQTACN		KLYSQKGNLF		TDQQKCLSDE		SEGLTCESSK
DETFWRELPS		VPSLDLFRAS		DSNANQKEFN		SLYFYQRAGK		SLGQKRHHES
SFNSGDKESL		TGFMCSQLPQ		FKKRRLAYEK		VPGRVDGQTR		LRFF

Gen

Hromosomski lokus SHOC1 je na poziciju 9q31.3, koju dijeli s najmanje 115 drugih gena koji kodiraju proteine, a nalazi se na negativnom lancu hromosoma 9.^[6][7] Kod ljudi sadrži 34 egzona, a dugačak je 108.834 parova baza, uključujući intron]e i egzone. C9orf84 se nalazi između gena za kodiranje proteina GNG10 i UGCG . Kada se ovaj gen transkribira kod ljudi, najčešće formira iRNK koja je duga 4.721 parova baza i sadrži 26 egzona. Postoji najmanje 13 alternativnih oblika prerade C9orf84, s više predviđenih.^[8]

Protein

SHOC1 kod ljudi ima najmanje šest alternativnih izoformi, s još najmanje 10 predviđenih.^[9] Primarno korištena sekvenca kod ljudi je izoforma 1 C9orf84. Ova izoforma je duga 1.444 aa, sadrži 26 egzona, ima predviđenu molekulsku masu 165,190 kDa i predviđeni pI 5,10.^[10]

Pokazalo se da je SHOC1 podvrgnut fosforilacijama.^[11] Predviđa se da C9orf84 prolazi kroz nekoliko drugih posttranslacijskih modifikacija, uključujući glikozilaciju i o-vezanu glikozilacija, te da sadrži leucinom bogate jedarne eksportne signale.^[12][13][14] U usporedbi s generičkim referentnim setom swp23s.q, primarnoj strukturi nedostaje u aminokiselinskoj grupi AGP (alanin, glicin, prolin) i sadrži više kiselih aminokiselina (glutamat, aspartat) od osnovnih aminokiselina (lizin, arginin).^[15] To vrijedi za proteine svih kičmenjaka. U ljudskoj izoformi 1, bilo je 220 identificiranih jednonukleotidnih polimorfizama otkrivenih u kodirajućoj regiji, ali niti jedan još nije povezan s ljudskom bolešću.^[16] Predviđa se da će sekundarna strukrura ovog proteina biti uglavnom alfa-heliksi u otprilike prve dvije trećine proteina, a zavojnice u posljednjoj trećini.^[17] Predviđa se da je ovaj protein lokaliziran u jedru.^[18]

Ekspresija

SHOC1 se sveprisutno eksprimira u većini tkiva s ekspresijom većom od prosjeka u sjemenicima, bubrezima, timusu i nadbubrežnoj žlijezdi.^[19][20]

Promotor za SHOC1 izoformu 1 kod ljudi je dug 639 bp i preklapa se sa 5’neprevedenom regijom gena. Postoje četiri zamjenska promotora, koji promoviraju različite varijante transkripta.^[21]

Interakcije

Eksperimentalno je utvrđeno da SHOC1, putem dva hibridna pristupa udruživanju, stupa u interakciju s metionin-aminopeptidazom, proteinom kodiranim genom maP3 u Bacillus anthracis.^[22]

Nekoliko najčešćih i najkonzerviranijih mjesta vezanja porodica transkripcijskih faktora za koje se predviđa da će se naći u promotorskoj regiji C9orf84 su ETS1 faktori, proteini koji vezuju Ccaat/pojačivač i faktor vezanja pojačivača limfoida 1.^[23] ETS1, proteini koji vezuju pojačivač Ccaat i faktor vezivanja pojačivača limfoida 1 povezani su s imunošću.

Evoluciijska historija

Ovaj gen se nalazi u svim kičmenjacima i nekim beskičmenjacima. Najdalji ortolog koji može otkriti NCBI BLAST nalazi se u Nematostella vectensis (starletna morska anemona).^[24] Najliži biljni ortolog C9orf84 je protein SHOC1 kod Arabidopsis thaliana.^[25] C9orf84 nije dobo konzerviran čak ni među sisarima.

Klinički značaj

SHOC1 je visoko reguliran kod pacijenata s psorijazom s oštećenom kožom, za razliku od pacijenata s psorijazom s neozlijeđenom kožom i pacijenata koji nemaju psorijazu.^[26]

Reference

1. GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000165181 - Ensembl, maj 2017
2. GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000038598 - Ensembl, maj 2017
3. "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
4. "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
5. "UniProt, Q5VXU9". Pristupljeno 6. 9. 2021.
6. "1) C9orf84 chromosome 9 open reading frame 84 [ Homo sapiens (human) ]". National Center for Biotechnology Information.
7. "Homo sapiens (human) Map Location: 9q31". GenScript. Arhivirano s originala, 24. 9. 2015. Pristupljeno 6. 9. 2021.
8. "Homo sapiens complex locus C9orf84, encoding chromosome 9 open reading frame 84". AceView.
9. "Protein Search C9orf84". National Center for Biotechnology Information.
10. "Compute pI/MW". ExPASy.
11. Wu X, Tian L, Li J, Zhang Y, Han V, Li Y, Xu X, Li H, Chen X, Chen J, Jin W, Xie Y, Han J, Zhong CQ (decembar 2012). "Investigation of receptor interacting protein (RIP3)-dependent protein phosphorylation by quantitative phosphoproteomics". Molecular & Cellular Proteomics. 11 (12): 1640–51. doi:10.1074/mcp.M112.019091. PMC 3518118. PMID 22942356.
12. "NetGlycate". Center for Biological Sequence Analysis.
13. "NetOGlyc". Center for Biological Sequence Analysis.
14. "NetNES". Center for Biological Sequence Analysis.
15. "SAPS". SDSC Biology WorkBench. Arhivirano s originala, 11. 8. 2003. Pristupljeno 6. 9. 2021.
16. "SNP linked to Gene (geneID:158401) Via Contig Annotation". NCBI dbSNP.
17. "PELE". SDSC Biology WorkBench. Arhivirano s originala, 11. 8. 2003. Pristupljeno 6. 9. 2021.
18. "PSORTII". PSORT.
19. Dezso Z, Nikolsky Y, Sviridov E, Shi W, Serebriyskaya T, Dosymbekov D, Bugrim A, Rakhmatulin E, Brennan RJ, Guryanov A, Li K, Blake J, Samaha RR, Nikolskaya T (novembar 2008). "A comprehensive functional analysis of tissue specificity of human gene expression". BMC Biology. 6: 49. doi:10.1186/1741-7007-6-49. PMC 2645369. PMID 19014478.
20. Shyamsundar R, Kim YH, Higgins JP, Montgomery K, Jorden M, Sethuraman A, van de Rijn M, Botstein D, Brown PO, Pollack JR (2005). "A DNA microarray survey of gene expression in normal human tissues". Genome Biology. 6 (3): R22. doi:10.1186/gb-2005-6-3-r22. PMC 1088941. PMID 15774023.
21. "ElDorado". Genomatix.^{[mrtav link]}
22. Dyer MD, Neff C, Dufford M, Rivera CG, Shattuck D, Bassaganya-Riera J, Murali TM, Sobral BW (august 2010). "The human-bacterial pathogen protein interaction networks of Bacillus anthracis, Francisella tularensis, and Yersinia pestis". PLOS ONE. 5 (8): e12089. doi:10.1371/journal.pone.0012089. PMC 2918508. PMID 20711500.
23. "MatInspector". Genomatix.^{[mrtav link]}
24. "BLAST". National Center for Biotechnology Information.
25. Macaisne N, Novatchkova M, Peirera L, Vezon D, Jolivet S, Froger N, Chelysheva L, Grelon M, Mercier R (septembar 2008). "SHOC1, an XPF endonuclease-related protein, is essential for the formation of class I meiotic crossovers". Current Biology. 18 (18): 1432–7. doi:10.1016/j.cub.2008.08.041. PMID 18812090. S2CID 16418136.
26. Nair RP, Duffin KC, Helms C, Ding J, Stuart PE, Goldgar D, Gudjonsson JE, Li Y, Tejasvi T, Feng BJ, Ruether A, Schreiber S, Weichenthal M, Gladman D, Rahman P, Schrodi SJ, Prahalad S, Guthery SL, Fischer J, Liao W, Kwok PY, Menter A, Lathrop GM, Wise CA, Begovich AB, Voorhees JJ, Elder JT, Krueger GG, Bowcock AM, Abecasis GR (februar 2009). "Genome-wide scan reveals association of psoriasis with IL-23 and NF-kappaB pathways". Nature Genetics. 41 (2): 199–204. doi:10.1038/ng.311. PMC 2745122. PMID 19169254.