FiloKod povezan je s Međunarodnim društvom za filogenetičku nomenklaturu (ISPN).[1] Njegov prateći volumen, Filonimi, uspostavit će prva taksonska imena pod FiloKod-om, posluživši kao primjer onima koji nisu s upoznati s kodom.[2]RegNum je povezana internetska baza podataka za filogenska imena.[3]
FiloKod predlaže da se regulira filogenetička nomenklatura osiguravanjem pravila za odlučivanje koje će se asocijacije imena i definicija smatrati uspostavljenim,[4] koji će se od njih smatrati homonimima[5] or synonyms,[6] i koji će se iz skupa sinonima ili homonima smatrati prihvaćenim (uglavnom onaj koji je prvi registrovan; vidi dolje). FiloKod će dopustiti samo imenovanje kladusa,[7] ali ne iz parafilskih ili polifiletnih grupa, i dozvolit će upotrebu primjeraka, vrsta i apomorfija kao specifera (sidra).[8]
Za razliku od rangirane nomenklature kodova (ICN, ICZN, ICNB), FiloKod ne zahtijeva upotrebu rangova, iako po želji dopušta njihovu upotrebu.[9] Kodovi temeljeni na rangu definiraju taksone koristeći rang (kao što su rod, porodica, itd), a u mnogim slučajevima i tip ili tipski podtakson. Tačan sadržaj taksona, osim vrste, nije naveden kodovima koji se temelje na rangu.
Suprotno tome, pod filogenetskom nomenklaturom sadržaj taksona razgraničava se definicijom koja je zasnovana na filogeniji (tj. precima i potomcima) i koristi specifikatore (npr. vrste, primjerke, apomorfije) za označavanje stvarnih organiama. Formula definicije ukazuje na pretka. Definirani takson je, dakle, taj predak i svi njegovi potomci. Stoga se sadržaj filogenetički definiranog taksona oslanja na filogenetičku hipotezu.
Slijede primjeri tipova filogenetičke definicije (velika slova označavaju specifikatore):[10]
Temeljen na grani: kladus koji se sastoji od A i svih organizama ili vrsta koji imaju najbližeg zajedničkog pretka s A a ne sa Z ili najobuhvatniji kladus koji sadrži A, ali ne i Z. Još jedan pojam za definicije ove vrste je temeljen na izvorima.
Na bazi apomorfije: kladus koji potiče od prvog organizma ili vrste koja posjeduje apomorfiju M nasljeđenu od A.
Moguće su i druge vrste definicije uzimajući u obzir ne samo filogenetičke odnose organizma i apomorfije, već i jesu li povezani organizmi ili nisu postojeći.
Sljedeća tabela sadrži primjere filogenetičkih definicija razreda koji također imaju rang u tradicijskoj nomenklaturi. Kad su svi specifikatori u definiciji utemeljenoj na koljenima postojeći primjerci ili vrste, kao što je u sljedećoj definiciji Mammalia, definirana je krunska grupa. (Uobičajena definicija sisara je manje restriktivna, uključujući neke fosilne grupe izvan krunske grupe.)[11]
Kladus koji potiče sa najbrižim recentnim zajedničkim pretkom najobuhvatnijeg kladusa koji uključuj vrapcaPasser domesticus Linnaeus 1758 ali ne dinosaura Stegosaurus armatus Marsh 1887
Kladus koji potiče sa najranijim pretkom sa Homo sapiens Linnaeus 1758 sa naslijeđenim udovima s prstima ili nožnim prstima
Verzije
Nacrt /draft) FiloKoda prošao je kroz nekoliko revizija. Sve starije verzije se mogu na sajtu [1]Arhivirano 4. 4. 2019. na Wayback Machine. Od januara 2020., sadašnja verzija je 5., finalizirana januara 2014., a važi 21. Januara 2019.
Organizacija
Kao i kod drugih nomenklaturnih kodeksa, pravila FiloKoda su organizirana kao članci, koji su zauzvrat organizirani kao poglavlja. Svaki članak može sadržavati i bilješke, primjere i preporuke.
Jednom implementiran, FiloKod će biti povezan s registracijom baze podataka zvanom RegNum, koja će pohraniti sva imena kladusa i definicije koje će se smatrati prihvatljivim.[12] Očekuje se da će ovo pružiti javno upotrebljiv alat za pridruživanje imena kladusa definicijama, koji se zatim mogu povezati sa grupsms subtakson ili primjercima putem filogenijske baze podataka stabala (poput TreeBASE).
Kao što je planirano, međutim. najvažnija upotreba RegNum-a bit će odluka koja će se smatrati prihvaćenom jednog od niza sinonima ili homonima: onaj s najmanjim registracijskim brojem, osim u slučajevima konzervacije.
^Laurin, M.; Bryant, H. N. (2009). "Third Meeting of the International Society for Phylogenetic Nomenclature: a Report". Zoologica Scripta. 38 (3): 333–337. doi:10.1111/j.1463-6409.2008.00379.x.
Baum, D. A.; W. S. Alverson; R. Nyffeler (1998). "A durian by any other name: taxonomy and nomenclature of the core Malvales". Harvard Papers in Botany. 3: 315–330. ISSN1043-4534.
Cantino, Philip D. (2000). "Phylogenetic nomenclature: addressing some concerns". Taxon. International Association for Plant Taxonomy (IAPT). 49 (1): 85–93. doi:10.2307/1223935. JSTOR1223935.
Cantino, Philip D. (2004). "Classifying species versus naming clades". Taxon. International Association for Plant Taxonomy (IAPT). 53 (3): 795–798. doi:10.2307/4135453. JSTOR4135453.
de Queiroz, K.; P. D. Cantino (2001). "Phylogenetic nomenclature and the PhyloCode". Bull. Zool. Nomencl. 58: 254–271. ISSN0007-5167.
de Queiroz, K.; J. Gauthier (1990). "Phylogeny as a central principle in taxonomy: Phylogenetic definitions of taxon names". Syst. Zool. Society of Systematic Biologists. 39 (4): 307–322. doi:10.2307/2992353. JSTOR2992353.
Gauthier, J.; K. de Queiroz (2001). "Feathered dinosaurs, flying dinosaurs, crown dinosaurs, and the name "Aves"". u J. A. Gauthier; L. F. Gall (ured.). New perspectives on the origin and early evolution of birds: proceedings of the International Symposium in Honor of John H. Ostrom. New Haven, Connecticut, U.S.A.: Peabody Museum of Natural History, Yale University. str. 7–41 pp.
Laurin, M.; Philip D. Cantino (2004). "First International Phylogenetic Nomenclature Meeting: a report". Zool. Scr. 33 (5): 475–479. doi:10.1111/j.0300-3256.2004.00176.x.
Laurin, M.; K. de Queiroz; Philip D. Cantino (2006). "Sense and stability of taxon names". Zool. Scr. 35 (1): 113–114. doi:10.1111/j.1463-6409.2006.00219.x.
Rieppel, O. (2006). "The PhyloCode: a critical discussion of its theoretical foundation". Cladistics. 22 (2): 186–197. doi:10.1111/j.1096-0031.2006.00097.x.
