DHX38

DHX38
Identifikatori
Aliasi	DHX38
Vanjski ID-jevi	OMIM: 605584 MGI: 1927617 HomoloGene: 8512 GeneCards: DHX38
Lokacija gena (čovjek) Hrom. Hromosom 16 (čovjek)[1] Bend 16q22.2 Početak 72,093,613 bp[1] Kraj 72,112,912 bp[1]
Lokacija gena (miš) Hrom. Hromosom 8 (miš)[2] Bend 8|8 D3 Početak 110,274,643 bp[2] Kraj 110,292,493 bp[2]
Obrazac RNK ekspresije Više referentnih podataka o ekspresiji
Ontologija gena Molekularna funkcija • nucleotide binding • GO:0008026 helicase activity • GO:0001948, GO:0016582 vezivanje za proteine • nucleic acid binding • hydrolase activity • ATP binding • vezivanje sa RNK • GO:0034459 3'-5' RNA helicase activity Ćelijska komponenta • catalytic step 2 spliceosome • membrana • nukleoplazma • spliceosomal complex • jedro • citoplazma Biološki proces • mRNA splicing, via spliceosome • termination of RNA polymerase II transcription • mRNA processing • mRNA export from nucleus • mRNA 3'-end processing • Prerada RNK • RNA export from nucleus Izvori:Amigo / QuickGO
Ortolozi
Vrste	Čovjek	Miš
Entrez	9785	64340
Ensembl	ENSG00000140829	ENSMUSG00000037993
UniProt	Q92620	Q80X98
RefSeq (mRNK)	NM_014003	NM_178380
RefSeq (bjelančevina)	NP_054722	NP_848467
Lokacija (UCSC)	Chr 16: 72.09 – 72.11 Mb	Chr 8: 110.27 – 110.29 Mb
PubMed pretraga	[3]	[4]
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjek Pogledaj/uredi – miš

Pre-iRNK-faktor prerade ATP-ovisne RNK helikaze PRP16 je enzim koji je kod ljudi kodiran genom DHX38.^[5][6][7] Gross (2018) mapirao je gen DHX38 u hromosom 16, sekvenca q22.2, na osnovu poravnanja DHX38 sekvence (GenBank BC004235) sa genomskom sekvencom (GRCh38).

Prerada pre-iRNK zahtijeva stvaranje niza splajsosomnih kompleksa koji se okupljaju redom E, A, B i C. U C kompleksu postoje dva koraka katalitske prerade. DHX38 je faktor prerade, bitan za katalitički korak II.^[8]

DEAD kutija proteina, koju karakterizira konzervirani motiv Asp-Glu-Ala-Asp (DEAD), obuhvata navodne RNK-helikaze. Uključeni su u brojne ćelijske procese promjene sekundarne strukture RNK, poput inicijacije translacije, jedare, mitohondrijske ribosomne prerade i prerade splajsosoma. Na osnovu njihovih obrazaca raspodjele, vjeruje se da su neki članovi ove porodice uključeni u embriogenezu, spermatogenezu i ćelijski rast i diobu. Protein kodiran od ovog gena član je porodice faktora prerade RNK DEAD/H. Ovaj protein sličniji je kvaščevom Prp16 više nego ostali članovi ove porodice. To je ATPaza , bitna je za katalitski korak II u procesu prerade pre-iRNK.^[7]

Aminokiselinska sekvenca

Dužina polipeptidnog lanca je 1.227 aminokiselina, a molekulska težina 140.503 Da.^[9].

10		20		30		40		50
MGDTSEDASI		HRLEGTDLDC		QVGGLICKSK		SAASEQHVFK		APAPRPSLLG
LDLLASLKRR		EREEKDDGED		KKKSKVSSYK		DWEESKDDQK		DAEEEGGDQA
GQNIRKDRHY		RSARVETPSH		PGGVSEEFWE		RSRQRERERR		EHGVYASSKE
EKDWKKEKSR		DRDYDRKRDR		DERDRSRHSS		RSERDGGSER		SSRRNEPESP
RHRPKDAATP		SRSTWEEEDS		GYGSSRRSQW		ESPSPTPSYR		DSERSHRLST
RDRDRSVRGK		YSDDTPLPTP		SYKYNEWADD		RRHLGSTPRL		SRGRGRREEG
EEGISFDTEE		ERQQWEDDQR		QADRDWYMMD		EGYDEFHNPL		AYSSEDYVRR
REQHLHKQKQ		KRISAQRRQI		NEDNERWETN		RMLTSGVVHR		LEVDEDFEED
NAAKVHLMVH		NLVPPFLDGR		IVFTKQPEPV		IPVKDATSDL		AIIARKGSQT
VRKHREQKER		KKAQHKHWEL		AGTKLGDIMG		VKKEEEPDKA		VTEDGKVDYR
TEQKFADHMK		RKSEASSEFA		KKKSILEQRQ		YLPIFAVQQE		LLTIIRDNSI
VIVVGETGSG		KTTQLTQYLH		EDGYTDYGMI		GCTQPRRVAA		MSVAKRVSEE
MGGNLGEEVG		YAIRFEDCTS		ENTLIKYMTD		GILLRESLRE		ADLDHYSAII
MDEAHERSLN		TDVLFGLLRE		VVARRSDLKL		IVTSATMDAE		KFAAFFGNVP
IFHIPGRTFP		VDILFSKTPQ		EDYVEAAVKQ		SLQVHLSGAP		GDILIFMPGQ
EDIEVTSDQI		VEHLEELENA		PALAVLPIYS		QLPSDLQAKI		FQKAPDGVRK
CIVATNIAET		SLTVDGIMFV		IDSGYCKLKV		FNPRIGMDAL		QIYPISQANA
NQRSGRAGRT		GPGQCFRLYT		QSAYKNELLT		TTVPEIQRTN		LANVVLLLKS
LGVQDLLQFH		FMDPPPEDNM		LNSMYQLWIL		GALDNTGGLT		STGRLMVEFP
LDPALSKMLI		VSCDMGCSSE		ILLIVSMLSV		PAIFYRPKGR		EEESDQIREK
FAVPESDHLT		YLNVYLQWKN		NNYSTIWCND		HFIHAKAMRK		VREVRAQLKD
IMVQQRMSLA		SCGTDWDIVR		KCICAAYFHQ		AAKLKGIGEY		VNIRTGMPCH
LHPTSSLFGM		GYTPDYIVYH		ELVMTTKEYM		QCVTAVDGEW		LAELGPMFYS
VKQAGKSRQE		NRRRAKEEAS		AMEEEMALAE		EQLRARRQEQ		EKRSPLGSVR
STKIYTPGRK		EQGEPMTPRR		TPARFGL

Simboli

C: Cistein
D: Asparaginska kiselina
E: Glutaminska kiselina
F: Fenilalanin
G: Glicin
H: Histidin
I: Izoleucin
K: Lizin
L: Leucin
M: Metionin
N: Asparagin
P: Prolin
Q: Glutamin
R: Arginin
S: Serin
T: Treonin
V: Valin
W: Triptofan
Y: Tirozin

Kloniranje i ekspresija

Pretragom baza podataka o sekvencama za homologe kvasca Prp16 i Prp17, koji su uključeni u katalitski korak II, praćenom PCR-om, Zhou i Reed (1998) izolirali su cDNK koja kodira ljudskee PRP16 i PRP17. Predviđeni protein PRP16 sa 1.227 aminokiselina, koji je 41% identičan kvašćevom Prp16, sadrži konzerviranini motiv koji veže NTP i šest motiva RNK-helikaza, koji su tipski za porodicu kutija DEAH navodnih RNK-helikaza. PRP16 se razlikuje od svog homologa kvasca na N-kraju, gdje ima REDS-bogatu regiju koje nema u kvaščevom Prp16. Analizom komplementacije, utvrđeno je da PRP16 nije mogao spasiti nokaut Prp16 kvasca, osim kao himera s 298 N-terminalnih ostataka kvasca Prp16, što sugerira da regija bogata REDS-om ne može funkcionirati u sustavu kvasca, dok su faktori DEAH okvira ključni. Western blot analiza otkrila je jedarni protein od 140 kD koji se pojavio kasnije od SF3B3 i povezan je sa splajsosomom prije katalitskog koraka II. Studije imunoosirošivanje/dodavanja u ljudskim jedarnim ekstraktima pokazale su da je PRP16 općeniti faktor prerade, bitan za katalitski korak II.

Molekulska genetika

Sekvenciranjem egzona u pakistanskoj porodici srodnika s ranim početkom retinitis pigmentosa i makulskog koloboma, u kojem je bilo sugestivne veze sa hromosomom 16 (višestruka ocjena loda od 2,65 za marker rs11646282), Ajmal et al. (2014) identificirali su homozigotnost zbog misens mutacije u genu DHX38 (G332D) koja se odvojila od fenotipa u porodici. Varijanta nije pronađena u 180 etnički podudarnih kontrola ili u Exome Variant Serveru, projektu 1000 Genomes ili u bazama podataka dbSNP. Nisu izvedene funkcionalne studije varijante. U dva pogođena člana srodničke pakistanske porodice (MA88 i MA157) s retinitis pigmentosa s ranim početkom, Latif et al. (2018) identificirali su homozigotnost za istu misense mutaciju u genu DHX38 (R324Q). Sekvenciranje gena kod tri člana svake porodice sa normalnim vidom nije identificiralo mutaciju. Varijanta nije bila prisutna ni u jednom od 30.766 južnoazijskih alela u bazi podataka gnomAD. Nisu izvedene funkcionalne studije varijante.^[10][11]

Reference

1. GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000140829 - Ensembl, maj 2017
2. GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000037993 - Ensembl, maj 2017
3. "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
4. "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
5. Zhou Z, Reed R (Jun 1998). "Human homologs of yeast prp16 and prp17 reveal conservation of the mechanism for catalytic step II of pre-mRNA splicing". EMBO J. 17 (7): 2095–106. doi:10.1093/emboj/17.7.2095. PMC 1170554. PMID 9524131.
6. Nagase T, Seki N, Ishikawa K, Ohira M, Kawarabayasi Y, Ohara O, Tanaka A, Kotani H, Miyajima N, Nomura N (maj 1997). "Prediction of the coding sequences of unidentified human genes. VI. The coding sequences of 80 new genes (KIAA0201-KIAA0280) deduced by analysis of cDNA clones from cell line KG-1 and brain". DNA Res. 3 (5): 321–9, 341–54. doi:10.1093/dnares/3.5.321. PMID 9039502.
7. "Entrez Gene: DHX38 DEAH (Asp-Glu-Ala-His) box polypeptide 38".
8. (Zhou i Reed, 1998). Zhou, Z., Reed, R. Human homologs of yeast Prp16 and Prp17 reveal conservation of the mechanism for catalytic step II of pre-mRNA splicing. EMBO J. 17: 2095-2106, 1998. PubMed: 9524131
9. "UniProt, Q92620". Pristupljeno 4. 7. 2021.
10. Ajmal, M., Khan, M. I., Neveling, K., Khan, Y. M., Azam, M., Waheed, N. K., Hamel, C. P., Ben-Yosef, T., De Baere, E., Koenekoop, R. K., Collin, R. W. J., Qamar, R., Cremers, F. P. M. A missense mutation in the splicing factor gene DHX38 is associated with early-onset retinitis pigmentosa with macular coloboma. J. Med. Genet. 51: 444-448, 2014. [PubMed[: 24737827
11. Latif, Z., Chakchouk, I., Schrauwen, I., Lee, K., Santos-Cortez, R. L. P., Abbe, I., Acharya, A., Jarral, A., Ali, I., Ullah, E., Khan, M. N., Ali, G., Tahir, T. H., Bamshad, M. J., Nickerson, D. A., Ahmad, W., Ansar, M., Leal, S. M. Confirmation of the role of DHX38 in the etiology of early-onset retinitis pigmentosa. Invest. Ophthal. Vis. Sci. 59: 4552-4557, 2018. [PubMed]: 30208423

Dopunska literatura

• Schwer B, Guthrie C (1991). "PRP16 is an RNA-dependent ATPase that interacts transiently with the spliceosome". Nature. 349 (6309): 494–9. doi:10.1038/349494a0. PMID 1825134. S2CID 4281489.
• Bonaldo MF, Lennon G, Soares MB (1997). "Normalization and subtraction: two approaches to facilitate gene discovery". Genome Res. 6 (9): 791–806. doi:10.1101/gr.6.9.791. PMID 8889548.
• Hillier LD, Lennon G, Becker M, et al. (1997). "Generation and analysis of 280,000 human expressed sequence tags". Genome Res. 6 (9): 807–28. doi:10.1101/gr.6.9.807. PMID 8889549.
• Gee S, Krauss SW, Miller E, et al. (1997). "Cloning of mDEAH9, a putative RNA helicase and mammalian homologue of Saccharomyces cerevisiae splicing factor Prp43". Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 94 (22): 11803–7. doi:10.1073/pnas.94.22.11803. PMC 23596. PMID 9342318.
• Wang Y, Guthrie C (1998). "PRP16, a DEAH-box RNA helicase, is recruited to the spliceosome primarily via its nonconserved N-terminal domain". RNA. 4 (10): 1216–29. doi:10.1017/S1355838298980992. PMC 1369694. PMID 9769096.
• Orphanides G, Wu WH, Lane WS, et al. (1999). "The chromatin-specific transcription elongation factor FACT comprises human SPT16 and SSRP1 proteins". Nature. 400 (6741): 284–8. doi:10.1038/22350. PMID 10421373. S2CID 4300397.
• Loftus BJ, Kim UJ, Sneddon VP, et al. (1999). "Genome duplications and other features in 12 Mb of DNA sequence from human chromosome 16p and 16q". Genomics. 60 (3): 295–308. doi:10.1006/geno.1999.5927. PMID 10493829.
• Jurica MS, Licklider LJ, Gygi SR, et al. (2002). "Purification and characterization of native spliceosomes suitable for three-dimensional structural analysis". RNA. 8 (4): 426–39. doi:10.1017/S1355838202021088. PMC 1370266. PMID 11991638.
• Chagnon P, Michaud J, Mitchell G, et al. (2003). "A missense mutation (R565W) in cirhin (FLJ14728) in North American Indian childhood cirrhosis". Am. J. Hum. Genet. 71 (6): 1443–9. doi:10.1086/344580. PMC 378590. PMID 12417987.
• Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). "Generation and initial analysis of more than 15,000 full-length human and mouse cDNA sequences". Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 99 (26): 16899–903. doi:10.1073/pnas.242603899. PMC 139241. PMID 12477932.
• Obuse C, Yang H, Nozaki N, et al. (2004). "Proteomics analysis of the centromere complex from HeLa interphase cells: UV-damaged DNA binding protein 1 (DDB-1) is a component of the CEN-complex, while BMI-1 is transiently co-localized with the centromeric region in interphase". Genes Cells. 9 (2): 105–20. doi:10.1111/j.1365-2443.2004.00705.x. PMID 15009096. S2CID 21813024.
• Gerhard DS, Wagner L, Feingold EA, et al. (2004). "The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC)". Genome Res. 14 (10B): 2121–7. doi:10.1101/gr.2596504. PMC 528928. PMID 15489334.
• Ewing RM, Chu P, Elisma F, et al. (2007). "Large-scale mapping of human protein-protein interactions by mass spectrometry". Mol. Syst. Biol. 3 (1): 89. doi:10.1038/msb4100134. PMC 1847948. PMID 17353931.