ATG4D

ATG4D
Identifikatori
Aliasi	ATG4D
Vanjski ID-jevi	OMIM: 611340 MGI: 2444308 HomoloGene: 13156 GeneCards: ATG4D
Lokacija gena (čovjek) Hrom. Hromosom 19 (čovjek)[1] Bend 19p13.2 Početak 10,543,895 bp[1] Kraj 10,553,418 bp[1]
Lokacija gena (miš) Hrom. Hromosom 9 (miš)[2] Bend 9|9 A3 Početak 21,176,589 bp[2] Kraj 21,189,068 bp[2]
Ontologija gena Molekularna funkcija • GO:0070122 peptidase activity • cysteine-type peptidase activity • hydrolase activity • cysteine-type endopeptidase activity Ćelijska komponenta • citoplazma • citosol • mitochondrial matrix • mitohondrija Biološki proces • Autofagija • protein transport • autophagy of nucleus • C-terminal protein lipidation • protein delipidation • autophagy of mitochondrion • autophagosome assembly • Proteoliza • protein targeting to membrane • GO:0097285 apoptoza Izvori:Amigo / QuickGO
Ortolozi
Vrste	Čovjek	Miš
Entrez	84971	235040
Ensembl	ENSG00000130734	ENSMUSG00000002820
UniProt	Q86TL0	Q8BGV9
RefSeq (mRNK)	NM_001281504 NM_032885	NM_153583
RefSeq (bjelančevina)	NP_001268433 NP_116274	NP_705811
Lokacija (UCSC)	Chr 19: 10.54 – 10.55 Mb	Chr 9: 21.18 – 21.19 Mb
PubMed pretraga	[3]	[4]
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjek Pogledaj/uredi – miš

Ljudski gen ATG4D kodira protein cistein peptidaza s autofagijom 4D.^[5]

Aminokiselinska sekvenca kodiranog proteina

Simboli

C: Cistein
D: Asparaginska kiselina
E: Glutaminska kiselina
F: Fenilalanin
G: Glicin
H: Histidin
I: Izoleucin
K: Lizin
L: Leucin
M: Metionin
N: Asparagin
P: Prolin
Q: Glutamin
R: Arginin
S: Serin
T: Treonin
V: Valin
W: Triptofan
Y: Tirozin

10		20		30		40		50
MNSVSPAAAQ		YRSSSPEDAR		RRPEARRPRG		PRGPDPNGLG		PSGASGPALG
SPGAGPSEPD		EVDKFKAKFL		TAWNNVKYGW		VVKSRTSFSK		ISSIHLCGRR
YRFEGEGDIQ		RFQRDFVSRL		WLTYRRDFPP		LPGGCLTSDC		GWGCMLRSGQ
MMLAQGLLLH		FLPRDWTWAE		GMGLGPPELS		GSASPSRYHG		PARWMPPRWA
QGAPELEQER		RHRQIVSWFA		DHPRAPFGLH		RLVELGQSSG		KKAGDWYGPS
LVAHILRKAV		ESCSDVTRLV		VYVSQDCTVY		KADVARLVAR		PDPTAEWKSV
VILVPVRLGG		ETLNPVYVPC		VKELLRCELC		LGIMGGKPRH		SLYFIGYQDD
FLLYLDPHYC		QPTVDVSQAD		FPLESFHCTS		PRKMAFAKMD		PSCTVGFYAG
DRKEFETLCS		ELTRVLSSSS		ATERYPMFTL		AEGHAQDHSL		DDLCSQLAQP
TLRLPRTGRL		LRAKRPSSED		FVFL

Funkcija

Autofagija je proces kojim se endogeni proteini i oštećene organele uništavaju unutarćelijski. Pretpostavlja se da je autofagija bitna za ćelijsku homeostazu ljudi i preuređivanje ćelija tokom diferencijacije, metamorfoze, neapoptotske ćelijske smrti i starenja. Smanjeni nivoi autofagije opisani su kod nekih malignih tumora, a predložena je uloga autofagije i u kontroli nereguliranog rasta ćelija povezanog sa kancerom.

Ovaj gen pripada porodici proteina 4 (Atg4) koja je povezana sa autofagnih C54 endopeptidaza. Članovi ove porodice kodiraju proteine koji imaju ulogu u biogenezi autofagosoma, koji odvajaju citosol i organele za razgradnju pomoću lizosoma. Prerada rezultira višestrukim varijantama transkripata. [prema RefSeq, juli 2013.].

Reference

1. GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000130734 - Ensembl, maj 2017
2. GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000002820 - Ensembl, maj 2017
3. "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
4. "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
5. "Entrez Gene: Autophagy related 4D, cysteine peptidase".

Dopunska literatura

• Betin VM, MacVicar TD, Parsons SF, Anstee DJ, Lane JD (april 2012). "A cryptic mitochondrial targeting motif in Atg4D links caspase cleavage with mitochondrial import and oxidative stress". Autophagy. 8 (4): 664–76. doi:10.4161/auto.19227. PMC 3405841. PMID 22441018.
• Betin VM, Lane JD (juli 2009). "Caspase cleavage of Atg4D stimulates GABARAP-L1 processing and triggers mitochondrial targeting and apoptosis". Journal of Cell Science. 122 (Pt 14): 2554–66. doi:10.1242/jcs.046250. PMC 2704886. PMID 19549685.
• Mariño G, Uría JA, Puente XS, Quesada V, Bordallo J, López-Otín C (februar 2003). "Human autophagins, a family of cysteine proteinases potentially implicated in cell degradation by autophagy". The Journal of Biological Chemistry. 278 (6): 3671–8. doi:10.1074/jbc.M208247200. PMID 12446702.