শ্রেষ্ঠ কাহিনি বিভাগে ফিল্মফেয়ার পুরস্কার হল ভারতের চলচ্চিত্রের কাহিনি রচয়িতার স্বীকৃতি হিসেবে ফিল্মফেয়ার ম্যাগাজিন প্রদত্ত বাৎসরিক পুরস্কার। ১৯৫৫ সাল থেকে ফিল্মফেয়ার পুরস্কারের অংশ হিসেবে এই পুরস্কার প্রদান করা হচ্ছে। এই বিভাগে প্রথম পুরস্কার বিজেতা মুখরাম শর্মা, তিনি অউলাদ ছবির কাহিনি রচনার জন্য এই পুরস্কার অর্জন করেন।
নিচের তালিকায় প্রথমোক্ত শিরোনামসমূহ বিজয়ী নির্দেশ করে। বিজয়ী লেখকদের নাম গাঢ় বর্ণে দেওয়া আছে এবং যেগুলো গাঢ় নয় সেগুলো মনোনয়ন নির্দেশ করে। তালিকায় প্রদত্ত বছরসমূহ চলচ্চিত্র মুক্তির বছর হিসেবে বিবেচিত, পুরস্কার আয়োজনের বছর নয়। পুরস্কার আয়োজন সাধারণত পরের বছরে হয়ে থাকে।