След войната през 1892 година Юрдан Стоянов завършва Военното на Негово Княжеско Височество училище в София и постъпва на служба във войската.[5] През 1896 – 1897 година се включва активно в дейността на ВМОК и е един от най-активните му членове.
През 1901 година напуска военна служба и в края на година става войвода на чета в Горноджумайско. Участва в Горноджумайското въстание през септември – октомври 1902 година. На 23 септември 1902 година четата му от 48 души води голямо сражение с турски аскер от 800 души в местността Маркови кули край село Сърбиново (днес Брежани) и при Градево.[6] Тогава негов четник е бъдещият мелнишки войвода Тодор Мицев. Сражава се и при Влахи.[5]
На следната 1903 година капитан Стоянов отново напуска военната служба, за да се включи и в Илинденско-Преображенското въстание. Габровското гражданство екипира и въоръжава четата му от 80 души, която в тяхна чест е наречена „Габровска-Априловска“.[7] В края на август начело на отряда си навлиза в Сярско, където въстанието трябва да избухне на 14 септември – Кръстовден. Подвойвода му е поручик Асен Партениев, секретар Георги Белев, а сред четниците са Павел Желязков, Славчо Пирчев и Александър Стефчов Старото и Михаил Думбалаков – подсекретар.[8] На 30 август отрядът на капитан Стоянов, заедно с четите на Яне Сандански, Михаил Чаков и Стоян Мълчанков с общо 160 души водят голямо сражение с 600 души турска войска при оброчището „Света Троица“, Мелнишко. Турците са отблъстнати с много жертви, докато от въстаниците загиват само трима души. На 1 септември четата на капитан Юрдан Стоянов участва в голямо сражение при село Пирин, в което турците дават 80 души убити и ранени. Четата на капитан Стоянов, заедно с четите на Стоян Мълчанков и поручик Петър Дървингов са определени да действат в Мелнишко и Кресненско. На 28 септември 1903 г. четите на Стоянов, Дървингов и поручик Димитър Зографов водят 10-часово сражение в местността Предела.
На 24 декември 1903 година Стоянов е ранен в Кюстендил от терорист на ВМОРО.[9]
От средата на октомври 1904 година Юрдан Стоянов е начело на чета, действаща в Горноджумайско и Мелнишко.[10]
През 1906 г., разочарован от вътрешното противопоставяне в революционното движение, капитан Юрдан Стоянов се оттегля от революционна дейност и отново постъпва на военна служба.[13] В същата 1906 година се жени за Райна Каназирева, учителка и революционерка от мехомийския род Каназиреви.[14]
↑Ιστορικό Ημερολόγιο Σερρών // Δημόσια Κεντρική Βιβλιοθήκη Σερρών. Посетен на 5 декември 2014. Προς το Υπουργείον Εξωτερικών. Λαμβάνω την τιμήν να φέρω είς γνώσιν της Υμετέρας Εξoχότητος ότι κατ' ειδήσεις εξ Άνω Τζουμαγιάς, τρείς πολυπληθείς Βουλγαρικαί συμμορίαι διήλθον τα τουρκοβουλγαρικά σύνορα εκ διαφόρων σημείων διευθυνόμεναι εις το εσωτερικόν της Μακεδονίας. Αρχηγός των συμμοριών τούτων είναι ο γνωστός Γιάγκωφ, ο Δαβίτκου και ο Γ. Πελτέκης. Μια εκ των συμμοριών τούτων εξ 80 ατόμων ανεφάνη είς το διαμέρισμα Καρσί Γιακά της Πετρίτσης υπό την αρχηγίαν του γνωστού εκ της πρoτριετίας επαναστάσεως της Κρέσνας, λοχαγού του Βουλγαρικού στρατού Στογιάνωφ, κατευθυνόμενη προς το τμήμα Θεσσαλονίκης.