Шарлота Амалия фон Хесен-Филипстал (на немски: Charlotte Amalie von Hessen-Philippsthal; * 11 август 1730, Филипстал на Вера; † 7 септември 1801, Майнинген) е ландграфиня от Хесен-Филипстал и чрез женитба херцогиня и от 1763 до 1782 г. регентка на Саксония-Майнинген.
Дъщеря е на ландграф Карл I фон Хесен-Филипстал (1682 – 1770) и съпругата му принцеса Каролина Кристина фон Саксония-Айзенах (1699 – 1743), дъщеря на херцог Йохан Вилхелм фон Саксония-Айзенах.
Шарлота Амалия се омъжва на 20 години през 1750 г. за 63-годишния херцог Антон Улрих фон Саксония-Майнинген (1687 – 1763). Тя е втората му съпруга и е с 43 години по-млада от него.
Херцогът определя в завещанието си Шарлота Амалия за единствена регентка на страната и опекун на синовете им. Антон Улрих управлява от 1742 г. Саксония-Майнинген от Франкфурт на Майн. След неговата смърт през 1763 г. Шарлота Амалия се мести в Майнинген и поема регентството за синовете си до 1782 г.
Тя основава през 1773 г. на нея назованата масонска ложа „Charlotte zu den drei Nelken“. През 1785 г. Шарлота Амалия купува наречения на нея „чифлик Амалиенру“ като своя вдовишка резиденция и го разширява богато.
Шарлота Амалия не е погребана в княжеската гробница, а по нейно желание в градските гробища в Майнинген.
Шарлота Амалия има от брака си с херцог Улрих фон Саксония-Майнинген до 1762 г. осем деца: