Хуго II фон Шьонбург-Глаухау (на немски: Hugo II zu Schönburg-Glauchau; * 13 декември 1559; † 23 октомври 1606) е фрайхер и господар на Шьонбург-Глаухау, Хартенщайн-Оелзниц.
Той е син на фрайхер Хуго I фон Шьонбург-Глаухау (1530 – 1566) и съпругата му Анна фон Глайхен-Рембда (1532 – 1570), дъщеря на граф Йохан II фон Глайхен-Рембда († 1545) и Хедвиг фон Гера († 1531). Брат е на Георг III (1558 – 1611), господар на Валденбург, и Файт III (1563– 1622), господар на Лихтенщайн.
През 1406 г. бургграф Хайнрих I фон Хартенщайн залага графството Хартенщайн на род Шьонбург и през 1416 г. не може да си го купи обратно. Така графството принадлежи напълно на Шьонбургите и става част от техните господства. На 2 май 1559 г. горната част на Графство Хартенщайн е продадена от Шьонбургите на Ветините.
Клоновете Шьонбург-Валденбург, Шьонбург-Хартенщайн съществуват до днес като Шьонбург-Глаухау.
Първи брак: на 3 декември 1582 г. в Гера с Агнес Ройс фон Плауен (* 26 юни 1567; † 1 август 1588, Хартенщайн), дъщеря на граф Хайнрих XVI Ройс-Гера (1530 – 1572) и Доротея фон Золмс-Лаубах (1547 – 1595).[1] Тя умира на 21 години. Те имат три деца, които не порастват:
Втори брак: на 13 юли 1590 г. с Катарина фон Салм-Кирбург-Мьорхинген (* 2 февруари 1574; † 9 януари 1654), дъщеря на вилд и рейнграфграф Ото I фон Салм-Кирбург-Мьорхинген († 1607) и графиня Отилия фон Насау-Вайлбург († ок. 1610).[2] Те имат 11 деца:[3][4][5]