Фридрих III фон Шлезвиг-Холщайн-Готорп (на немски: Friedrich III von Schleswig-Holstein-Gottorf; * 22 декември 1597, дворец Готорп; † 10 август 1659, Тьонинг) е херцог на Шлезвиг-Холщайн-Готорп (1616 – 1659).[1] Той е прадядо на руската императрица Екатерина II.
Той е най-възрастният син на херцог Йохан Адолф фон Шлезвиг-Холщайн-Готорп (1575 – 1616) и принцеса Августа Датска (1580 – 1639), дъщеря на крал Фредерик I от Дания и херцогиня София фон Мекленбург.
Фридрих III се жени на 21 февруари 1630 г. в Дрезден за Мария Елизабет Саксонска (1610 – 1684), дъщеря на курфюрст Йохан Георг I от Саксония.
На 3 септември 1642 г. Лудвиг I фон Анхалт-Кьотен приема Фридрих III в литературното общество „Fruchtbringende Gesellschaft“.
Фридрих умира на 10 август 1659 г. в обсадената крепост Тьонинг и е погребан на 31 януари 1661 г. в княжеската гробница в катедралата на Шлезвиг.
Фридрих III и Мария Елизабет Саксонска имат 16 деца:[2]