Сегашната църква е построена върху основите и отчасти стените на разрушената в първото десетилетие на VI век митрополитска катедрала, а следващата постройка е била изградена към края на IX век след приемането на християнството като официална религия на България и покръстването на българския народ по времето на княз Борис I. Тя е основно преустроена в последното десетилетие на Х век за коронацията на Самуил през 997 г. като патриаршеска катедрала във вид на куполна базилика.[2]
Има исторически данни в т. нар. "Дюканжов списък", че църквата е изградена (или обновена) по времето на архиепископ Лъв I Охридски (1037 - 1056).[3] Сведението явно се отнася до изграждането на средната част на църквата, която датира от по-ново време.
В 1317 година по нареждане на архиепископ Григорий I Охридски е изграден външният притвор (екзонартекс) с особено представителна фасада, както и южната и северната кула.[1][4] На външната западна стена на притвора има едноредов гръцки надпис с взидани тухли, който гласи:[5]
...Григорий... като издигна храм, мизийските народи поучава всемъдро на богописания закон. Година 6825 (=1317 от Христа)[5]
“
Входът в горното ниво на екзонартекса е от горното ниво на нартекса, а комуникацията е чрез стълби от кулата на север от нартекса (Оливеров притвор), както и чрез стълбите от южната кула.[1] Декорацията на тази западна фасада със своята хармоничност и игра на светлосенки е уникален пример за синтез на елементи от сакралната и профанната архитектура. Особено впечатляващ е ктиторският надпис, направен с тухли и хоросан.[6]
След завладяването на България от османските турци, в 1466 година църквата е превърната в джамия. В този период са направени големи екстериорни и интериорни промени: вместо старите сводове и купола с трансепт са изградени нови[1] сводове, изграден е минбар с части от каменната олтарна преграда и цибориума от XIV век, направени са низ преправки и дозидвания, като трема на северната страна и минарето над северната кула.[6]
След като през Балканската война в 1912 година в града влизат сръбски войски, минарето е разрушено. В 1916 година, по време на Първата световна война, българските власти превръщат сградата отново в църква.[6]
Стенописи
Във вътрешността на църквата са запазени стенописи от два периода – IX или X век и от XI век. От първия период са стенописите в източната част по стените и върху някои от стълбовете. Там са изписани патриарси-светци, чиито имена са нечетливи.[7] Стилистичните и иконографски особености на стенописите от XI век са дело на много майстори, но имат цялостна концепция. Характеризират се с монументалност в розите на фигурите, архаични форми, изградени с широки линии, в които колоритът е подчинен на идеята и рисунката.[6]
Григоривият притвор заема видно място в живописта на XIV век. Стенописите са драматични и експресивни и се забелязва двойственост в представянето на фигурите.[6]