След създаването на Българската екзархия в 1870 година, към името на Дебърска епархия е прикрепено и това на Велешка (Δεβρών και Βελισσού), защото тя е изрично упомената във фермана и получава екзархийски митрополит. Българското население в епархията се вдига срещу новия митрополит Антим и иска присъединяване към новооснованата екзархия. Още през декември 1872 година е отправено такова прошение. Въз основа на него ръководството на Екзархията ходатайства пред Портата за освобождаване на населението на епархията от преследванията на гръцкия владика. Антим изпъжда игумена на Бигорския манастир и насилва жителите на Галичник да признаят владичеството му, но те отказват. През лятото на 1874 година следват нови прошения епархията да бъде смятана за екзархийска. Цялата Дебърска каза е проекзархийска, както и 54 села от Кичевска каза, а 25 кичевски села са гъркомански.[4]
След първоначален неутралитет битолският валия Али Саиб паша Гюрчю започва да подкрепя гръцката партия. През май 1874 година игуменът на Кичевския манастирКозма Пречистански събира всички свещеници от казата и те подписват протокол за присъединяване към Екзархията, потвърден по-късно от кметовете на 60 села. Митрополит Антим обаче успява да издейства от властите арестуването му в Битоля и заточението му след един месец в Света гора. Жителите на Кичево отказват да признаят митрополит Антим и митрополитският дом в града е затворен.[4] Митрополит Антим разграбва манастира и унищожава документацията му.[5]
Новият битолски валия Мехмед Рефет паша Байтар заема по-неутрална позиция и дава разрешение на кичевчани да организират българска община и в началото на 1875 година и 25-те гъркомански села подписват махзар за присъединяване към екзархията. Така фактически цялата екзархия без окупирания манастир се подчинява на Екзархията.[6]
През лятото на 1875 година в Дебърска епархия с правителствена заповед са проведени истилями (допитвания), като в Дебърска каза само 2 села и 20 къщи в Дебър подкрепят гръцката църква. Въз основа на резултатите от истилямите Дебърската българска община моли за отстраняване на Антим и назначаване на екзархийски наместник. Поради назряващата революционна криза обаче епархията не успява да получи екзархийски митрополит, а църквите в Дебър и Кичево са предадени на патриаршисткото малцинство.[6]
В 1897 година за български дебърски митрополит е избран Козма Дебърски, който остава на поста в Дебър до 1913 година, когато е изгонен от новите сръбски власти.
Епархията е понижена в епископия, подобно на другите Охридската, Битолската, Злетовско-струмишката и Велешко-дебърската. Митрополия остава единствено Скопската.
През есента на 1915 година, когато по време на Първата световна война в областта е установено българско управление, Козма Дебърски се завръща в епархията си и я управлява до смъртта си през януари 1916 година. Населението на Дебърско се обръща с молба към Светия синод на Българската екзархия за управляващ на епархията да бъде назначен архимандрит Кирил Рилски, тъй като е родом от този край. Синодът препоръчва на управляващия епархията митрополит Борис Охридски да назначи Кирил за свой протосингел в Дебър. Архимандрит Кирил Рилски пристига в Дебър на 26 април 1916 г. Управлява епархията до 18 декември 1918 година, когато след края на войната и изтеглянето на българските войски предава управлението на сръбските духовни власти.[7][8]
В 1920 година епархията е разделена, като Велешко е предадено на Скопска епархия, а Дебърско – на Охридска.
След разгрома на Югославия от Германия през пролетта на 1941 година, Българската екзархия възстановява своя диоцез в анексираните от България части от Вардарска и Егейска Македония и в Западна Тракия. Временното управление на Охридско-Битолската епархия е връчено на митрополит Филарет Ловчански с помощник епископ Панарет Брегалнишки.[9]
Глави
Дебърски епископи на Охридската архиепископия (Δεβρών, Δευρών)
Епархията е формарана в края на XV или началото на XVI век със седалище Кичево. В 1598 година е присъединена към Дебърската епископия. В началото на XVIII век е присъединена към Преспанската митрополия.[15]
↑Елдъров, Светлозар. Възстановяване на екзархийското наследство в Македония. София, в: Националното обединение на България 1940 - 1944 г., Македонски научен институт, 2012. ISBN 978-954-8187-86-2. с. 131.