Кристиан Ернст фон Щолберг-Вернигероде (на немски: Christian Ernst zu Stolberg-Wernigerode; * 2 април 1691, Гедерн; † 25 октомври 1771, Вернигероде) от фамилията Щолберг е граф на Щолберг-Вернигероде от 1710 г. и в Шварца от 1748 г.
Той е син на граф Лудвиг Кристиан фон Щолберг-Гедерн (1652 – 1710) и втората му съпруга херцогиня Кристина фон Мекленбург-Гюстров (1663 – 1749), дъщеря на херцог Густав Адолф фон Мекленбург-Гюстров и съпругата му Магдалена Сибила фон Шлезвиг-Холщайн-Готорп. Внук е на граф Хайнрих Ернст I фон Щолберг-Вернигероде (1593 – 1672) и съпругата му Анна Елизабет фон Щолберг-Ортенберг (1624 – 1668), дъщеря на граф Хайнрих Фолрад цу Щолберг-Вернигероде. Брат е на Фридрих Карл (1693 – 1767), който от 1742 г. е княз на Щолберг-Гедерн, и на Хайнрих Август (1697 – 1748), граф фон Шолберг-Шварца.
През 1710 г. Кристиан Ернст наследява графството Вернигероде от чичо си Ернст цу Щолберг (1650 – 1710), според завещанието от 23 януари 1699 г. на баща му граф Лудвиг Кристиан.
Кристиан Ернст се жени на 31 март 1712 г. в Гелден Вестербург за графиня София Шарлота фон Лайнинген-Вестербург (* 22 февруари 1695, Вецлар; † 10 декември 1762, Вернигероде), единствената дъщеря на граф Йохан Антон фон Лайнинген-Вестербург (1655 – 1698) и Кристина Луиза фон Сайн-Витгенщайн (1673 – 1745). Те имат децата:[1][2]