Той е син на граф Карл фон Изенбург-Бюдинген-Меерхолц (1700 – 1774) и съпругата му графиня Елеонора Елизабет Фридерика Юлиана фон Золмс-Рьоделхайм-Асенхайм (1703 – 1762), дъщеря на граф Лудвиг Хайнрих фон Золмс-Рьоделхайм-Асенхайм (1667 – 1728) и управляващата графиня Вилхелмина Христиана фон Лимпург (1679 – 1757).
Йохан Фридрих Вилхелм се жени на 11 юни 1762 г. в Грумбах за графиня Каролина фон Залм, вилд- и Рейнграфиня в Грумбах (* 20 април 1734, Меерхолц; † 11 май 1791, Меерхолц), дъщеря на вилд- и Рейнграф Карл Валрад Вилхелм фон Салм-Грумбах, граф фон Даун (1701 – 1763) и графиня Юлиана Франциска фон Прьозинг-Лимпург (1709 – 1775). Тя е внучка на вилд- и Рейнграф Карл Лудвиг Филип фон Залм-Грумбах (1678 – 1727) и първата му съпруга принцеса Мария Вилхелмина Хенриета фон Насау-Узинген (1679 – 1718).[2] Те имат 7 деца:[3]
Карл Вилхелм Лудвиг (1763 – 1832), женен на 29 март 1785 г. във Витгенщайн за графиня Каролина фон Сайн-Витгенщайн-Хоенщайн (1764 – 1833)
Луиза Христиана Елеонора (1770 – 1808), омъжена на 23 декември 1784 г. в Меерхолц за граф Александер фон Пюклер-Лимпург (1751 – 1820)
Литература
Gerhard Köbler: Historisches Lexikon der deutschen Länder – Die deutschen Territorien vom Mittelalter bis zur Gegenwart, 2007, C. H. Beck, München: 1988, ISBN 978-3-406-54986-1. Isenburg-Büdingen-Meerholz S. 313 Digitalisat
Detlev Schwennicke, Europaische Stammtafeln, New Series, Vol. XVII, Tafel 70.
