На 13 ноември 1513 г. Йохан се жени в Торгау втори път за Маргарета от Анхалт (1494 – 1521), дъщеря на княз Валдемар VI от Анхалт-Кьотен. След женитба той и брат му си поделят земите. Йохан се установява във Ваймар и от там управлява тюрингските и франкските земи. През 1525 г. наследява бездетния си брат Фридрих и управлява сам.
Йохан има позитивно отношение към реформацията. Мартин Лутер живее в неговата територия. През 1527 г. се основава Евангелийската-Лутеранска държавна църква, и той е като курфюрст неин епископ.
Йохан управлява 40 години и умира през 1532 г. Той е погребан, както брат му Фридрих, в дворцовата църква на Витенберг. Протестантската църква го чества на 16 август. Наследен е от син му Йохан ФридрихВеликодушния.