Роден е след смъртта на баща му. През 1319 г. Вернер V фон Цимерн се жени за Анна трухсес фон Рордорф (една странична линия на господарите фон Валдбург) и така става собственик на господството Мескирх, което е потвърдено чрез покупка през 1354 г.
Вернер V фон Цимерн умира на 23 април 1384 г. на ок. 94 години и е погребан в Мескирх. Родът фон Цимерн е издигнат след 1538 г. на графове фон Цимерн и изчезва по мъжка линия през 1594 г.
Фамилия
Първи брак: през 1319 г. с Анна фон Валдбург-Рордорф († 1350), дъщеря на трухсес Бертхолд фон Мескирх-Рордорф? († 1351/1352) и Елизабет фон Бодман († 1356/1360). Той получава господството Мескирх. Бракът е бездетен.
Втори брак: през 1353 г. с Бригита фон Гунделфинген († между 26 октомври 1400/22 април 1404, Зеедорф), дъщеря на Дегенхарт фон Гунделфинген († 1351/1352) и Анна фон Кирхберг († 1374/1394). Те имат четири деца:[1][2]
Йохан II фон Цимерн „Стари“ († 21 януари 1441), фрайхер и вер. граф на Цимерн, женен за Кунигунда фон Верденберг-Зарганс († 5 февруари 1431)
Анна фон Цимерн († сл. 28 май 1388), омъжена пр. 1372 г. за Улрих II фон Шварценберг († 1406/1411)
Erica Bastress-Dukehart: The Zimmern chronicle. Nobility, memory, and self-representation in sixteenth-century Germany. Ashgate, Aldershot 2002, ISBN 0-7546-0342-3 (Rezension)
Europaische Stammtafeln, by Wilhelm Karl, Prinz zu Isenburg, Vol. XII, Tafel 83.
~Europäische Stammtafeln, J.A. Stargardt Verlag, Marburg, Schwennicke, Detlev (Ed.). 12:83
