Общината е разположена в югоизточната част на област Силистра. С площта си от 248,566 km2 е най-малката сред 7-те общините на областта, което съставлява 7,83% от територията на областта. Границите ѝ са следните:
Община Алфатар се намира в северната част Източната Дунавска равнина. Цялата ѝ територията попада условно в западната част на Добруджанското плато и крайните североизточни части на Лудогорското плато, като границата между двете не е точно определена. Релефът се характеризира като нискохълмист, леко наклонен на север с надморска височина между 160 и 220 m, набразден от дълбоки (на места над 100 m) спрямо околния терен суходолия. Максималната височина на общината се намира в югозападната ѝ част, югозападно от село Цар Асен – 231,2 m н.в., а най-ниската – 49 m н.в., в суходолието на Хърсовска река (десен „приток“ на Канагьол), североизточно от село Васил Левски.
Води
На територията на общината липсват повърхностно течащи води. При силни дъждове и при топене на снеговете по суходолията протичат водни течения, които по-късно и през лятото пресъхват. При големи дъждове водите прииждат с голяма сила и унищожават всичко по леглата си. През източната част на общината преминават две дълбоки суходолия. Първото от тях (западното) е на река Канагьол (десен „приток“ на Дунав). То навлиза в пределите на общината югоизточно от село Чуковец, на 132 m н.в. С множество меандри суходолието пресича цялата община от юг на север и североизточно от град Алфатар напуска територията на общината, на 57 m н.в. Второто суходолие (източното) е суходолието на Хърсовска река (десен „приток“ на Канагьол), което „протича“ по границата с община Кайнарджа, минава източно от селата Бистра и Кутловица и в него се намира най-ниската ѝ точка.
Населени места
Общината се състои от 7 населени места. Списък на населените места, подредени по азбучен ред, население и площ на землищата им:[1]
МЗ без № обн. 28 декември 1943 г. – възстановява страрото име на с. Генерал Лазарово на с. Алфатар;
– преименува с. Лесковик на с. Генерал Велизар Лазаров;
МЗ № 3688/обн. 5 юни 1945 г. – преименува с. Генерал Велизар Лазаров на с. Васил Левски;
Указ № 317/обн. 13 декември 1955 г. – заличава с. Генерал Попово и го присъединява като квартал на с. Алфатар;
Указ № 546/обн. 15 септември 1964 г. – признава с. Алфатар за с.гр.т. Алфатар;
Указ № 960/обн. 4 януари 1966 г. – възстановява старото име на с. Цар Асеново на с. Цар Асен;
Указ № 1942/обн. 17 септември 1974 г. – признава с.гр.т. Алфатар за гр. Алфатар;
Указ № 45/обн. 20 януари 1978 г. – отделя с. Честименско и неговото землище от община Алфатар, Силистренски окръг и го присъединява към община Тервел, Толбухински окръг.
.png)
