Иван Рилски (до 941) · Григорий I Рилски (след 941) · Йоаникий I Рилски (1195) · Дометиан Рилски (1385) · Йоасаф Рилски (до 1463) · Давид Рилски (1463 - 1478) · Теофан Рилски (1479 - 1491) · Теоктист Рилски (1491 - 1503) · Калиник Рилски (1503)* · Ромул Рилски (1519)* · Григорий II Рилски (1558, 1559)* · Евтимий I Рилски (1577)* · архимандрит Стефан (1627, 1628)* · архимандрит Арсений (1632)* · йеромонах Атанасий (1632)* · Йоаникий II Рилски (1685)* · Йосиф I Рилски (ХVII в.) · Евтимий II Рилски (1702)* · Йоаким Рилски (1704)* · Никанор Рилски (1707) · Яким Рилски (1709, 1710)* · Данил Рилски (1723)* · Дионисий Рилски (1734, 1735) · Герасим I Рилски (1745)* · Висарион Рилски (1745 - 1746) · Василий Рилски (1746) · йеромонах Теофан II (1747 - 1753) · Серапион Коласийски (1753 - 1757) · Василий Рилски (1757 - 1760) · Клеопа Рилски (1760 - 1767) · Сергий Рилски (1768 - 1769) · Вениамин Рилски (1770)* · Герасим II Рилски (1772, 1774, 1782)* · Йосиф II Рилски (1784)* · Игнатий Рилски (1785) · Герасим II Рилски (1786 - 1797) · Теодосий I Рилски (1798 - 1801) · Теофан III Рилски (1801)* · Теодосий I Рилски (1805) · Гаврил Рилски (1811)* · Кесарий I Рилски (1815, 1816)* · Исай Рилски (1816) · Йоасаф II Рилски (1816, 1817)* · Исай Рилски (1819)* · Пантелеймон Рилски (1820) · Агапий Рилски (1832)* · Йосиф III Рилски (1822, 1824, 1828, и 1832 - 1836) · йеромонах Пахомий (1836 - 1837) · Йосиф III Рилски (1837 - 1839) · йеромонах Памфилий (1839 - 1842) · Йосиф III Рилски (1842 - 1860) · Неофит Рилски (1860 - 1864) · Пантелеймон II Рилски (1864 - 1868) · Кирил Рилски (1868 - 1871) · Йеротей Рилски (1871 - 1874) · Константий Рилски (1874 -1875) · Пантелеймон II Рилски (1875 - 1881) · Кирил Рилски (1881 -1883) · Теодосий II Рилски (1883 - 1884) · Теофилакт Рилски (1884 - 1886) · Йоасаф III Рилски (1886 - 1893) · Серафим Рилски (Самоков) (1893 - 1894) · Никифор Рилски (1894 - 1896) · Кесарий II Рилски (1896 - 1899) · Йоаникий III Рилски (1899 - 1904) · Йоасаф III Рилски (1904 - 1907) · Паисий Рилски (1907 - 1908) · Филарет Рилски (1908 - 1914) · архимандрит Евгений Рилски (1914 - 1917) · йеромонах Максим Рилски (1917 - 1921) · йеромонах Софроний Рилски (1921 - 1922) · йеромонах Серафим Рилски (1922) · архимандрит Антоний Рилски (1922 - 1924) · йеромонах Аверкий Рилски (1924) · Варлаам Левкийски (1924-1929) · Кирил II Рилски (1929 - 1933) · Флавиан Знеполски (1933 - 1936) · Климент Янев (1936-1938) · Флавиан Знеполски (1938) · Натанаил Рилски (1938 - 1944) · архимандрит Калистрат Рилски (1944 - 1948) · Варлаам Стобийски (1949-1961) · манастирът е музей, монасите са прогонени, няма игумен (1961 - 1968) · Йоан Драговитийски (1968 - 1970) · Калиник Врачански (1970 - 1971) · Нестор Смоленски (1971 - 1972) · Методий Жерев (1972 - 1977) · Геласий Крупнишки (1977 - 1982) · Галактион Старозагорски (1982 - 1985) · Нестор Смоленски (1985 - 1988) · Йоан Драговитийски (1988 - 2005) · Евлогий Адрианополски (от 2005)
- * година, в която се споменава в документи като игумен.
