Кристиан Гюнтер II фон Шварцбург-Арнщат Благочестиви (на немски: Christian Günther II von Schwarzburg-Sondershausen zu Arnstadt; * 1 април 1616; † 10 септември 1666) от фамилията Дом Шварцбург управлява като граф Шварцбург-Зондерсхаузен с резиденция в град Арнщат от 1642 г. до смъртта си.
Той е големият син на граф Кристиан Гюнтер I фон Шварцбург-Зондерсхаузен (1578 – 1642) и съпругата му Анна Сибила фон Шварцбург-Рудолщат (1584 – 1623), дъщеря на граф Албрехт VII фон Шварцбург-Рудолщат.
След смъртта на баща му през 1642 г. Кристиан Гюнтер II и братята му си поделят графството. Той получава горната част на графството с градът резиденция Арнщат. Антон Гюнтер I получава долната част на Шварцбург-Зондерсхаузен с изключение на селищата, които получава Лудвиг Гюнтер II.
Кристиан Гюнтер II се жени на 28 февруари 1645 г. в Арнщат за София Доротея фон Мьорсперг (* 1624; † 11 април 1685 в Арнщат), дъщеря на граф Георг фон Мьорсперг и Бефорт († 1648) и Доротея Сузана фон Глайхен († 1638), и има децата:[1][2]